据专家介绍，辣椒种子里面一般潜有如下病害：猝倒苗、立枯病、辣椒细菌性斑点、辣椒病毒病、辣椒绵疫病、辣椒黄萎病等。

一、温汤浸种用60℃的热水浸种，水量为种子量的３倍，先将种子缓慢倒入，边倒边搅拌，待温度降到25-30℃时，浸12-24小时。此法对种子传播的病害均有控制作用。

二、硫酸锌浸种用浓度为0.2-0.4%的硫酸锌溶液，在20-25℃条件下浸种12小时，此法对辣椒病毒病有抑制作用。

三、硫酸铜浸种先将种子用清水浸10-12分钟，再用１%的硫酸铜液浸泡５分钟，取出后用清水洗净。此法可防甜椒炭疽病和细菌性角斑病。

四、多菌灵浸种用冷水浸3-4小时后移入50%的多菌灵可湿性粉剂的500倍液中浸1小时，用清水洗净。可杀死或纯化辣椒病毒。

五、次氯酸钠浸种用1%的次氯酸钠浸种5-10分钟后用清水洗净，可防辣椒疫病、黄萎病和炭疽病等病害。