金针菇软腐病是由异形葡枝霉感染引起的。该菌感染金针菇后，首先在金针菇基部呈深褐色水渍状斑点，然后发病部位逐渐扩大变软、腐烂，上面可见灰白色棉絮球状气生菌丝；病部逐渐向上扩展，遇气温高时(18℃以上)扩展迅速，最后整个菇体倒伏、腐烂，并在其上面产生一层白色絮状分生孢子丛。

严重者袋内底部同时充满气生菌丝和絮状分生孢子丛。该菌尤其在金针菇采收1―2茬后，遇气温突然回升时，蔓延迅速，可使成长的子实体成批腐烂，并严重影响以后再生，造成严重损失。发现此病后，应加强通风，控制相对湿度，用1：(500―800)倍的多菌灵和甲基托布津喷洒。