3.过敏反应：如2型圆环病毒的III型过敏所引起的PDNS，PRRSV所引起的IV迟发型过敏反应以及PRRSV所引起的抗体依赖性增强作用（ADE）。
　　4.持续性感染：上文提及的弱毒疫苗的持续感染就是一个潜在危害，PRRSV也是一个容易导致持续性感染的病原。
　　5.灭活疫苗的灭活不彻底或弱毒疫苗中含有强毒：如猪瘟疫苗中混合了猪瘟强毒，口蹄疫灭活疫苗中混合了口蹄疫活毒。
　　6.酵母及其产物污染。
　　7.其它病毒污染：如猪瘟疫苗中混合了牛的病毒性腹泻黏膜病病毒，灭活组织匀浆中混合了蓝耳病病毒的活毒。
　　8.内毒素污染：一些细菌性疫苗中往往混有内毒素的污染。
　　常见的猪疫苗病
　　1.猪瘟病毒疫苗
　　为消除母源抗体的感染，而提出并进行的仔猪超前免疫试验，即仔猪在出生到吮乳前进行疫苗接种，使其产生主动免疫力，但很多仔猪在接种疫苗后的3～10 h内出现死亡，剖检后仔猪的口、鼻青紫；腹下皮肤出现红斑；肺部出现出血斑点。广西伍思钦等的实验也证实实施超前免疫的仔猪在断奶以后对猪瘟疫苗的反应性会大大降低，抗体水平下降极快；再次接种后，抗体上升缓慢。这是其一。
　　长期乳前疫苗接种，同样会导致猪的免疫耐受现象的频繁出现。抗体虽然照常产生，临床症状也不会出现，但疫苗毒不会被迅速清除，与猪只相伴而生，生生不息，毒力增强。长此以往，猪的猪瘟带毒现象就成了不可避免的事实。这是其二。
　　集约化猪场的出现，猪场内每周都有猪分娩、断奶，每周都有猪瘟疫苗的接种。猪瘟弱毒长期在猪场内循环，猪只不断受到疫苗弱毒的“骚扰”，继而免疫麻痹现象也随着出现了，抗体性反应迟钝(与超前免疫所产生的现象极为相似)。更为严重的后果是，在免疫麻痹的情况下，弱毒不断通过猪体，毒力逐渐增强，返强现象随之产生。这是其三。
　　笔者认为，在我国的养猪业中，划定试验区逐渐停止猪瘟疫苗接种的条件已经成熟。停止接种后，抗体阴性猪的比例将会逐渐升高，随后通过抗体检测，隔离或淘汰抗体持续阳性的猪只，完全可以净化猪瘟。总之，猪瘟疫苗若不停止接种，我国控制猪瘟的想法将永远只能成为一个梦想。
　　2.猪繁殖与呼吸综合征病毒疫苗
　　猪繁殖与呼吸综合征病毒是养猪业中新出现的重要传染病，对于该病的病原学、免疫学、疫苗学和流行病学以及分子生物学还存在着众多的谜团没有解开。
　　PRRSV感染1～2周可产生抗PRRSV的抗体，而中和抗体在感染后4～5周才能产生，10周达到峰值；公猪的中和抗体出现时间更晚，10周开始出现，18周达到峰值。感染PRRSV后，28 d左右出现抗原特异性的淋巴细胞增生，PRRSV感染后能诱导病毒特异性的迟发型变态反应，表现为耳部皮肤增厚。
　　弱毒疫苗的效果反差如此之大，是疫苗本身的问题，还是群体免疫水平的问题，抑或免疫程序所致？笔者认为，与后两者关系较大。现行的弱毒疫苗若接种阴性猪群，则均会大大提高产生生产上问题的可能性，Bouwkamp也发现，在没有PRRS流行的猪群对母猪进行PRRS疫苗的免疫会导致产活仔减少，死胎及木乃伊胎儿增多；接种阳性猪群(或蓝耳病流行猪群)，则不会产生问题，相反可能会产生保护作用。
　　从理论上说，灭活苗使用后不产生安全性问题，但只能刺激猪机体产生较弱的体液免疫反应，对清除PRRSV感染的巨噬细胞是无能为力的，因此，仅仅依靠灭活苗的免疫企图给猪机体建立牢固的免疫力是远远不够的。
　　从现实情况来，PRRS的灭活疫苗也存在灭活不彻底的危险，某些地区均发生了数起怀孕母猪怀孕后60日龄注射蓝耳病灭活疫苗后发生严重流产的事件。
　　总之，在决定实施蓝耳病的疫苗免疫之前，必须慎重了解本场的蓝耳病病毒流行情况以及抗体阳性的百分率和抗体出现的动态规律，必须了解2型圆环病毒等其他病毒感染的情况，必须慎重选择疫苗接种的季节，尤其必须慎重选择合适的疫苗，必须高度重视蓝耳病病毒的DTH反应以及ADE反应出现的可能性，减少疫苗接种所带来的生产上的损失。
　　3.猪圆环病毒疫苗
　　猪的圆环病毒病也是近几年开始流行的新的传染病，其危害逐渐呈现增强的趋势，发病范围逐渐扩大，现已成为世界性的重要猪病。
圆环病毒刺激机体产生的抗体与抗原所形成的免疫复合物容易沉积在肾脏和皮肤内，所以，在实施弱毒疫苗接种前，要采取免疫抑制的调节措施，防止PDNS的出现；当然，过度的免疫抑制也同样会促使PMWS的产生。