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对粪便进行发酵处理。将畜禽粪便投入沼气池中，经过发酵处理，可开发沼气等再生能源。经过发酵的粪便，还能够消灭90％以上的畜禽寄生虫卵。
　　进行干燥除臭处理。粪便在湿的时候更易产生臭气，使粪便迅速干燥可以减少臭气的产生。减少粪便中的水分和臭气，可在饲料或畜舍垫料中添加各类除臭剂，如天然沸石、硫酸亚铁、酶制剂和微生物制剂等。
　　大力发展生态畜牧业。通过畜牧业生态工程建设，大力发展生态畜牧业，对营养物质多层次地分级利用，可实现无废物、无污染的畜牧生产。
　　对于农村散养户可推广“四位一体”的生态模式，即在畜禽圈养舍附近建设厕所和沼气池、种植蔬菜，人、畜粪便产生的沼气用来取暖、照明，粪渣用来作蔬菜田地的肥料。
　　制作有机肥料畜禽粪便是优质的有机肥，对改良土壤极为有利，只要充分合理地利用，完全能够变废为宝。可采用高温快速干燥或堆积发酵的方法，把畜禽粪便制成各种作物的专用肥。
　　作饲料资源重新利用。鸡粪中含有丰富的有机物和较高的能量，采用干燥、发酵、青贮等方法加工处理后，可用作猪饲料。猪粪通过微生物发酵，将粪便中的氮素转化为微生物菌体蛋白，也可作为鱼饲料进行再利用。
　　通过营养调控，降低畜禽排泄物对环境的污染。在配制饲料时要综合考虑动物的生产性能、环境污染和资源利用情况，采用“理想蛋白质模型”平衡饲料中的各种营养成分，以有效地提高饲料转化率，减少粪便中氮素的含量。在饲料中加入植酸酶也可以提高畜禽对磷的利用率，减少粪便中磷的含量。
　　合理规划养殖场地。畜禽养殖场应选择在远离村庄、城区、居民区的地方，必须保证不对饮用水源产生污染。水源要充足，场内设施要安排合理，应建造与养殖规模相配套的粪便处理设施。
　　规范各类药物添加剂和消毒剂的使用，在任何情况下，都要反对滥用兽药和添加剂，要有效控制微量元素添加剂的使用量，严格禁止使用对人体有害的兽药和添加剂，提倡使用益生素、酶制剂、天然中草药等。要使用高效、低毒、广谱的消毒药物，尽可能少用或不用对环境易造成污染的消毒药物，如强碱、强酸、醛类等。
　　加强对病死畜禽的处理。病死畜禽尸体容易孳生蚊蝇、繁殖细菌、传染疫病，从而造成生物源的污染。因此，养殖场最好建一个焚尸炉或密封、不渗水的畜禽尸体处理井。一般不要采用土埋的方法处理病死畜禽，更不要到处乱扔。
　　搞好养殖场的绿化工作。场地绿化可净化25％~40％的有害气体和吸附50％左右的粉尘，还可改善圈舍小气候，起到遮阳、降温的作用。