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随着集约化养猪生产的发展和管理手段的提高，生产者为了追求猪群生产的高效率，对猪群质量（品种、生产性能、健康状况）的要求越来越高。同时猪群在严格的生产计划控制下，进行满负荷的生产运转，使得基础猪群自然淘汰和异常淘汰的比例有所增加，而且自然淘汰的比率相对减小，异常淘汰的比率相对增加。过高的猪群淘汰率将会给正常的生产带来压力，增加种猪群和后备猪群的生产成本，同时对整个猪群生产的稳定性也会产生不良影响。实践中管理者应根据猪群的情况，掌握种猪群的淘汰原则，尽量减少和避免种猪异常淘汰带来的损失。
公猪淘汰原则
１、自然淘汰　自然淘汰通常指对老龄公猪的淘汰，也包括由于生产计划变更、种群结构调整、选育种的需要，而对公猪群中的某些个体（群体）进行针对性的淘汰。自然淘汰包括：
（１）衰老淘汰：生产中使用的公猪，由于已经达到了相应的年龄或使用年限较长（３—４年），年老体衰，配种机能衰弱、生产性能低下，则应进行淘汰。
（２）计划淘汰：为了适应生产需要和种群结构的调整，对在群公猪进行数量调整、品种更新、品系选留、净化疫病等，则应对原有公猪群进行有计划、有目的的选留和淘汰。
２、异常淘汰　异常淘汰是指由于生产中饲养管理不当、使用不合理、疾病发生或公猪本身未能预见的先天性生理缺陷等诸多因素造成的青壮年公猪在未被充分利用的情况下而被淘汰。公猪异常淘汰的原因一般包括：
（１）体况过肥：由于日粮营养水平过高或后备公猪前期限饲不当，可能造成公猪过肥、体重过大、爬跨笨拙或母猪经不住公猪爬跨，造成配种困难或不能正常配种，此时应对公猪进行限制饲养和加强运动，降低膘情。若不能取得预期效果，应对公猪进行淘汰。
（２）体况过瘦：由于前期日粮营养水平过低、限饲过度或疾病原因，造成公猪参加配种时体况过瘦、体质较差，爬跨困难或不能完成整个配种过程，导致配种操作不利和配种效果较差，此时应对公猪加强营养、减少配种频率或针对性治疗疾病，使其恢复配种理想体况。通过以上操作仍难以恢复的个体，则应进行淘汰。
（３）精子活力差：已入群的后备公猪或正在使用的种公猪在连续几次检查精液品质后，死精率、畸形率过高，且后裔同胞个体数较少，通过调整营养、加强管理和治疗后，仍不能得到改善的个体，应及时淘汰。
（４）性欲缺乏：由于公猪过度使用或饲料中缺乏维生素Ａ、Ｅ、矿物质等，引起性腺退化、性欲迟钝、厌配或拒配，这种公猪应加强饲养管理，防止过度使用，并加强饲料中维生素和矿物质的营养，注意适当运动，一般可以调整过来。但对于不能恢复的个体，应该进行淘汰。
（５）繁殖疾病：某些疾病如：睾丸炎、附睾炎、肾炎、膀胱炎、布氏杆菌病、乙型脑炎等引起的公猪性机能衰退或丧失，以及由于其它疾病造成的公猪体质较差，繁殖机能下降或丧失。不能治愈的繁殖疾病和患有繁殖传染病的公猪，应立即进行淘汰。
（６）肢蹄病：公猪由于运动、配种或其它原因（如裂蹄、关节炎等），可能造成肢蹄的损伤，尤其是后肢，损伤后没有得到及时治疗，造成公猪不能爬跨或爬跨时不能支持本身重量，站立不定，而失去配种能力，这种公猪应及时进行治疗，在不能治愈或确认无治疗价值时应予以淘汰。
（７）恶癖：个别公猪由于调教和训练不当，可能会在使用过程中形成恶癖，如自淫、咬斗母猪，攻击操作人员等。这种公猪在使用正确手段不能改正其恶癖时，应及早淘汰，以免引起危害。
母猪淘汰原则
１、自然淘汰　母猪群年龄和胎次结构要保持适当的比例，才能发挥猪群的最大生产性能。在一个组成较好的母猪群中，通常２胎以下（包括后备猪）的母猪所占的比例为３０％，２—６胎的母猪所占比例为４５％—５５％，６胎以上的母猪所占的比例小于２０％，８胎以上的母猪比例小于５％。生产中母猪的自然淘汰是保持猪群良好生产性能和遗传改良计划必不可少的部分，自然淘汰亦包括衰老淘汰和计划淘汰。
（１）衰老淘汰：到了一定的使用年限（７—８年），难以维持正常生产性能的母猪，应予以淘汰。
（２）计划淘汰：由于生产计划的变更、引种、换种、疫病等因素，对原有生产性能较低或患有疾病的母猪群进行淘汰或处理。