营养因子缺乏

虽然维生素不是生物机体的结构成分，但它们在生物代谢过程中起着不可替代的作用。如烟酸和VB2等是碳水化合物和蛋白质代谢过程中重要的辅酶，缺乏将会导致消化不良，从而引起乳仔猪腹泻。同样，有些微量元素的缺乏也会导致仔猪腹泻，如铁和铜，缺铁或铜将会引起仔猪贫血，而贫血会导致机体对大肠杆菌敏感，进而引起并发性仔猪腹泻。

应激性腹泻

仔猪由于自身免疫系统、消化系统以及体温调节系统等各器官的发育不健全，机能不完善，对外界环境的变化非常敏感。一旦外界环境发生变化（如气温骤升骤降、仔猪转分群、换料等），就会产生一系列应激反应，造成消化机能的紊乱引起腹泻。有研究显示：仔猪处在应激状态，仔猪皮质酮分泌量增大，阻碍消化道分泌粘蛋白（乳酸等厌氧菌营养物质），肠道有机酸分泌降低，pH值升高，抑制了乳酸杆菌增殖，激活了大肠杆菌增殖；同时，在应激状态下，仔猪采食量下降，消化不良，并伴随体质下降，进而引起腹泻。
造成仔猪应激性腹泻的因素很多，除了上面提到的因素，母猪本身的营养状况以及母乳成分的变化也会影响仔猪造成腹泻。