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在生产实践中，常遇到免疫达不到预期效果，即在已免疫的畜群中还经常有发病的动物存在。此现象在畜 牧生产中经常遇到，往往造成较大的经济损失。生产中常见的例子是猪瘟和新城疫，在已免疫接种的鸡群和猪群中，出现了非典型鸡瘟和非典型猪瘟。实际上引起免疫失败不明显的例子到处存在。免疫失败究其原因与免疫过程的一系列因素有关，主要有以下几种因素，如：病原的变异、疫苗的质量、营养与环境、家畜个体差异及其免疫水平、人员操作和免疫抑制因素等有关。
　　1、病原的变异 疫苗是把病原因子弱化或直接用化学药物杀死病原菌因子，从而用来作为免疫预防的生物制剂。虽然在生产中，进行了疫苗接种免疫，但往往免疫后达不到理想保护能力。引起免疫失败的原因之一是抗原的变异导致病原微生物（细菌、病毒）在繁殖过程中会发生变异，在生长过程中有时使我们原来的针对此病原的疫苗所产生的抗体不能够有效地杀死抗原，从而造成部分或者全部的免疫失败，如一些病原超强毒的出现，引起抗原变异的机制有两种学说来解释：如
　　（1） 抗原的漂移（也叫做抗体压力学说） 众所周知，已经免疫的动物体会产生大量的抗体，在病毒的复制过程中，将它携带的遗传信息，传给子代病毒，由于这些病毒核酸聚合酶没有校正功能或此功能较差，使子代病毒核酸与父代病毒核酸有些不同，结果子代病毒有一定的变异，这种变异正是病毒自我发展，追求生存的一种机制，所有微生物中都存在这种现象。这样病毒粒子的变异，产生大量的形形色色的在抗原上稍有差异的病毒颗粒，其中大多数病毒粒子被体内抗体中和，有少数的病毒粒子，不能被抗体所中和，未被中和的病毒粒子能在抗体存在下大量复制，取代了原有的病毒，发展到一定程度引起动物发病。
　　（2） 抗原的突变 病毒的基因组之间发生了交换，从而使病毒抗原在短时间内就可能发生明显的变异，如：流感病毒和传染性支气管炎病毒。流感病毒粒子基因是分段的，当两个不同血清型病毒侵入同一个细胞时，基因片段在装配病毒时会发生互换，从而使包装好的子代病毒发生了抗原变异，使得发生一次次流感。
　　2、 疫苗方面 在集约化养殖场中，一个群体中存在几十头到上万头（对鸡来说上万只），疫苗保护率不是100%，因此免疫动物接触强毒后都存在少数免疫动物发病，也是正常的。由于病原本身时刻都在变异，但我们在疫苗制作上跟不上它的变异，结果导致免疫失败，这或许是免疫失败的根本原因，另外疫苗的制作、保存与运输、使用上还有若干问题造成免疫失败，也不容忽视。
　　（1） 疫苗的质量是免疫成败的关键因素。弱毒苗接种后在体内有个繁殖过程，因而接种的疫苗中必须含有足够量的有活力的病原，否则会影响免疫效果。
　　（2） 疫苗的保存与运输是免疫防治工作中十分重要的环节。保存与运输不当会使疫苗质量下降，甚至失效，影响免疫效果。
　　（3） 疫苗的使用过程中，有很多因素影响免疫效果，从疫苗的稀释到接种途径，免疫时间，各环节如做的不当都会引起免疫失败。
　　（4） 疫苗的血清型，有些病的病原含有多个血清型，如果疫苗毒株（或菌株）的血清型不同，往往造成免疫失败，针对多血清型的疾病应考虑使用多价苗。
　　3、 营养与环境 动物的营养状况好坏及环境因素都是影响免疫应答的因素。
　　4、 动物机体的因素 动物的免疫水平和应激状态均可影响免疫接种的效果。
　　（1） 进行免疫预防时，一定要先进行免疫监测。当机体内特异性抗体特别高的情况下，此时进行免疫，疫苗会中和动物体内抗体，反而使机体的抵抗力下降，因此必须找一个合适的免疫时间，才能使免疫接种取得良好的效果。
　　（2） 动物机体的健康状况越好对疫苗免疫应答就越好。当动物在患病的情况下，免疫应答不好，造成免疫失败。另外,动物的年龄、性别、环境、应激等因素都影响动物的免疫应答。
　　5、 人员操作上造成的免疫失败
　　（1） 疫苗的稀释时应注意如下几点：A：避免用漂白粉处理的水B：避免使用已经被细菌严重污染的水C：避免使用里面含有金属离子的水D：稀释弱毒苗加点脱脂奶粉，稳定病毒
　　（2） 操作原因A：在饮水免疫时，要对动物进行限水，目的使动物喝到足够量的疫苗，达到免疫的效果。B：注射时，要注射到疫苗所要求的部位。对猪而言，尤其需要避免注射到猪的脂肪组织，如猪丹毒或猪瘟，注射到猪的脂肪组织中，会导致免疫失败，因为脂肪组织中不适合细菌和病毒生长。