猪痢疾与猪传染性胃肠炎症状极其相似，排泄粘液血便，粪便由黄色糊状稀粪到灰褐色带大量粘液、血块粪便，有的粪中还混有少量坏死组织碎片，呈胶冻样，恶臭。但不同的是猪痢疾一年四季均可发病，且各种年龄段和不同品种的猪均易感染，保育猪和肥育猪发生最多，且传播缓慢，流行期长；主要病变局限于大肠，即从回肠与盲肠结合处为界，以不侵害小肠和小肠淋巴结为特征。大肠壁和肠系膜充血和水肿。大肠黏膜肿胀，淋巴滤泡增大，呈明显灰白色颗粒状。整个肠管呈弥漫红色。黏膜表面覆盖着粘液和带血的纤维素，肠内容物软而稀薄，并混有粘液、血液和组织碎片。病程长的病例，主要为坏死性肠炎，则见肠壁水肿较轻，黏膜病变加重，黏膜表层有点状、片状或弥漫性坏死，形成假膜，呈麸皮样或豆腐渣样外观，剥去伪膜露出浅表糜烂面。坏死常限于黏膜表面，肠内混有多量粘液和坏死组织碎片，小肠及其他脏器没有明显病变，此特征性的病变可用来与其它腹泻病相区别。
　　仔猪黄痢以剧烈黄色水痢和迅速脱水死亡为特征，仔猪病死率高（90％以上）及腹泻症状与猪传染性胃肠炎很相似，但与猪传染性胃肠炎不同的是本病除了发生于寒冬潮湿多雨季节外，炎夏亦发生，初产母猪所产仔猪发病最为严重，经产母猪所产仔猪较轻，新猪场比老猪场严重，主要为黄色或灰黄色水痢，比较突出的病变是肠道的急性卡他性炎症，以十二指肠最严重，一般根据多发于1-3日龄左右的新生仔猪，且初产母猪产的仔猪更严重；拉黄色水样粪便，发病率和致死率都高及高度脱水等特点，可做出诊断。
　　仔猪白痢以乳白色或灰白色下痢为特征，发病与肠道菌群失调有关，本病与猪传染性胃肠炎不同的是10-20日龄仔猪多发，30日龄以上仔猪很少发病，一年四季均可发生，以冬季和炎热夏季气候骤变时多发。
　　仔猪红痢以出血性下痢，肠道黏膜出血坏死为特征，与猪传染性胃肠炎不同的是该病主要感染l-3日龄的新生仔猪，l周龄以上的仔猪发病很少，死亡率高发病率最高达 100％，病死率为 20％-70％。排血痢为主要症状，特征病变在空肠，十二指肠一般不受侵害，空肠呈暗红色，肠腔内充满红色液体，肠粘膜及粘膜下层广泛出血，肠系膜淋巴结为鲜红色，病程稍长者以坏死性肠炎为主，肠管出血不明显，肠壁增厚，肠腔内容物含有坏死组织碎片，肠粘膜呈黄色或灰色坏死样伪膜，易剥离。
　　流行性腹泻以呕吐排水样便和脱水为特征，本病仅发生于猪，各种年龄的猪都能感染发病，哺乳仔猪、架子猪或育肥猪的发病率很高，达100％，尤以哺乳仔猪受害最为严重，母猪发病率变动很大，约为15％-90％，主要发生于冬季，以12月和翌年1月发生最多。临床症状及病变与猪传染性胃肠炎极其相似，主要的表现为呕吐、腹泻和脱水，粪稀如水样，灰黄色或灰色，年龄越小，症状越重，1周龄内新生仔猪发生腹泻后3-4天，呈现严重脱水而死亡，死亡率可达 50％，断奶猪、母猪常呈现精神萎顿、厌食和持续腹泻 (约1周)，逐渐恢复正常，肥育猪在同圈饲养感染后都发生腹泻，1周后康复，死亡率1％-3％，成年猪症状较轻，多只表现呕吐和食欲不振，与猪传染性胃肠炎一样有小肠绒毛缩短，与猪传染性胃肠炎不同的是眼观病变仅限于小肠，肠管膨满、扩张、充满黄色液体，肠壁变薄，肠系膜充血，肠系膜淋巴结水肿。
　　轮状病毒感染以腹泻为特征，成年人和成年动物一般呈隐性感染与猪传染性胃肠炎相同的是多发生于晚冬至早春的寒冷季节，传播迅速，食后呕吐，腹泻，粪便呈黄色灰色或暗黑色水样或糊状，明显脱水，新生猪死亡率可达100％，病变局限于胃肠道。胃内充满内容物，外观呈特征性地弛缓，小肠壁薄，半透明，受损区小肠绒毛严重短缩扁平，但与猪传染性胃肠炎不同的是发病只限于哺乳仔猪或新断乳仔猪，育肥猪、成年猪多呈亚临床表现，不表现症状，仔猪发病率一般为 50％-80％，病死率一般在10％以内。
　　仔猪副伤寒以出现肠炎和持续性下痢为其特征，病理变化主要是急性败血症和慢性坏死性肠炎，偶尔表现为卡他性和干醋性肺炎。临床表现与猪传染性胃肠炎很相似，体温高 (41℃～42℃)，食欲废绝，下痢，粪中混有血液、假膜。剖检可见大肠肠壁肥厚，黏膜有坏死，上覆有伪膜如麸皮样，剥去伪膜露出糜烂面等。但不同于猪传染性胃肠炎的是，本病流行的季节不明显。具有败血性症状，耳根、胸前、腹下皮肤有紫红色斑点，亚急性眼有脓性分泌物，粪淡黄或灰绿色、有恶臭，慢性型灰白色。剖检肝实质可见糠麸状细小黄灰色坏死点，脾肿大呈暗蓝色，坚度如橡皮，被膜有点状出血，白髓周围有红晕。肾皮质苍白，偶有出血点，肠系膜淋巴结索状肿大，软而红，有不同程度的出血点。