水产疫苗是目前预防水产养殖暴发性流行病最有效的手段。疫苗不仅可以有效地预防细菌性疾病，还是目前解决病毒病问题的唯一特效手段。疫苗与传统的水产药物不同，它不是去杀死病原，而是通过增强水产动物机体对某些烈性传染病的抵抗力来使它们不再得这些传染病。大部份水产疫苗在整个养殖周期仅需给水产动物使用一次。

　　1969年，中国水产科学研究院珠江水产研究所最早研制成功了可大面积推广使用的水产疫苗——草鱼土法疫苗，从根本上解决了烂鳃、赤皮、肠炎、出血等几种危害极大的草鱼暴发性流行病，使草鱼池糖养殖成活率提高到85%以上。

　　自草鱼土法疫苗（是一种组织浆灭活疫苗）后，我国又发展了多种水产组织浆灭活疫苗。最近，针对危害日趋严重的鳜鱼流行病，中山大学生命科学院科研成功了相应的组织浆灭活疫苗，现正在南海市进行大面积试用。

　　组织浆灭活疫苗的最大缺点是受病鱼供应数量的限制，难以进行大规模生产。为此，科学家们在此基础上发展了灭活细胞疫苗、弱毒活疫苗、分子疫苗和基因工程疫苗等多种水产疫苗生产技术。

　　水产灭活细胞疫苗是将体外培养的原毒活疫苗杀死去毒后制成的疫苗，目前已进行草鱼出血病病毒灭活细胞疫苗的工厂化生产。但水产灭活细胞疫苗的最大缺点是免疫保护率偏低。为此，珠江水产研究所等科研单位又开展了弱毒活疫苗的研究，目前已进行草鱼出血病病毒减毒细胞疫苗的工厂化生产。其具有最强的免疫保护力。

　　分子疫苗是利用现代生物学技术将致病菌细胞壁上抗原决定簇提取出来经加工处理制成的疫苗。深圳市旺业实业发展有限公司生产的水产寡糖分子疫苗是目前国内最优秀的水产分子疫苗之一，它无毒、免疫保护率较高、特异性强、，免疫一尾石斑鱼仅需注射2微克，而且常温下可保存五年，易于生产和运输，已形成了工业化生产能力，现正进行据缘青蟹疫苗小规模试验和石斑鱼、甲鱼疫苗的大面积试用。

　　与上述疫苗相比，基因工程疫苗更安全、更可靠、纯度高、成本低，生产规模大。最近中山大学成功地研制出了甲鱼气单胞菌的水产基因工程疫苗，实验室免疫保护率达到100%，现正在进行大面积试用。