1、深水网箱养殖存在的问题
　　1.1网箱布局不合理，管理措施不力 网箱主要分布在半封闭的内湾，布局不合理，设置过密，大大超过海区环境容纳量。有效水体的鱼类养殖密度太高，有的高达1立方米水体40多尾，致使水流不畅，局部严重缺氧，残饵及鱼类排泄物不能迅速随水输送出去而污染水体，致使网箱内鱼类大量窒息死亡。并且日常管理不够规范，投饵比较盲目；夏季投喂的小杂鱼新鲜度较差，并且也不经过任何消毒处理，冻品鱼的氨氮等指标均超标；死鱼随手乱扔，病鱼处理液、生活垃圾等都往海里倾倒，加剧海区污染。
　　1.2养殖品种少，且经济价值不高 除了河鲀鱼经济价值较高外，大规模养殖的为黑纗君等低值鱼类。而且目前养殖的鱼种由于多代近亲繁殖，导致性状明显退化：个体小型化、性成熟提前，生长慢、肉质差，抗逆性低。同时黑纗君虽然产量高，但是经济价值较低，因而效益也较低。
　　1.3投喂冰鲜饵料，利用率低且易造成环境污染 目前投喂的饵料大多数为鱼糜饵料。该饵料容易引发以下问题：一是进一步加剧对近海渔业资源的破坏；二是污染海域环境和水质；三是供应受限。由于天气、季节、海况等变化，无法保证每日有足够的饵料鱼供应，影响养殖生产；四是易发生病害。由于水质、底质污染及饵料鱼无法保证供应，会诱发病害的发生；五是饵料系数高，营养不平衡，造成成本高、质量差、效益低。
　　1.4滥用药物现象严重 网箱养殖长期投喂冰鲜杂鱼，严重破坏海区养殖环境，病菌滋生，鱼病问题日益复杂。一发病就盲目投药、过量用药，不但污染了水质，加大了病原体的抗药性，提高了养殖成本，还直接危及人类健康。
　　2、健康发展深水网箱养殖的对策
　　2.1科学规划，合理布局 组织力量进行海区环境容纳量调查和研究，加强宏观指导和管理，有计划地对分布过于集中、网箱设置过于密集的海区进行疏散，合理布局，争取把网箱向湾外发展，以减轻内湾负荷，改善水环境。日常科学管理方面，应有计划地组织养殖户培训，普及科学管理知识，增强养殖户的科学管理意识，提高管理人员素质。
　　2.2筛选优质品种，提高养殖鱼类的质量档次 通过对野生种的选育，走选种育种、提纯复壮之路；进行遗传改良，培育优良品种（系）及单性化、多倍体苗种；引进、开发新的养殖品种，提高养殖品种的抗病能力。
　　2.3投喂优质配合饵料，提高饵料利用率，减少养殖水域污染 根据不同鱼类、不同阶段的营养需求，投喂高效、适口的人工配合饵料。这样既提高了饵料的营养价值和利用率，又避免了投喂鲜活饵料对环境造成的污染。
　　2.4加强病害防治，推广健康养殖模式。通过降低养殖密度，减少抗生素用量，开发高效低残鱼药，采用科学养鱼技术，建立健康养殖模式，加强病害监测预报。同时加强养殖管理，及时发现患病个体并进行防治，防止病害水平传播，使病害在传播前得到控制。在一个海区养殖一段时间后，将网箱迁到临近空闲海区，使养殖海区得到有效修复，避免环境恶化。