另外，当前我国渔用化学药物本身也面临较大困难和问题：一是可供使用的药物贫乏;二是药效评价体系缺位;三是药物学理论滞后;四是药物的剂型与给予不科学。
尽管如此，在当前我国水产养殖发展的初级阶段，面临降低养殖经济损失、增加渔民收入的现实背景，化学药物仍然是控制水生动物疾病不得已的选择。但是，使用化学药物对于水产品出口来讲，将时刻面临着国外技术壁垒的挑战。
3、免疫防治是健康养殖的重要内容、水生动物疾病防治的现实选择和发展趋势。
长期以来水生动物疾病防治的经验教训使得人们对抗菌素等药物使用的安全性日益重视，认识已从以前关注的"靶动物安全"过渡到"人类食品安全"和"环境安全"，消除水产晶药物残留隐患的抗病技术研究日益重要，急需水产疫苗的开发应用。疫苗在提高鱼类特异性免疫水平的同时亦能增强机体抗不良应激的能力，且符合环境无污染、水产食品无药残的理念，已成为当今世界水生动物疾病防治界研究与开发的主流产品。
目前，我国水产疫苗在水产养殖疾病防治中的应用仍处于零星、局部、小规模和不规范的状态，尚无一种疫苗实现真正意义上的产业化经营。主要实践成果：（1）草鱼出血病细胞疫苗上世纪80年代以来在广东、广西、福建、海南、湖北、湖南、四川、浙江、江苏等省市进行应用或区域性试验，免疫保护率高达90%以上，标志着我国最大宗养殖品种草鱼的主要疾病可获得人工免疫预防，加上草鱼烂鳃、赤皮、肠炎"三病"细菌三联疫苗的使用，保护范围得到扩展，使得疫苗更具实用价值。（2）疫苗研发品种多样化，在水产养殖疾病防治中初显良好效果。如淡水养殖鱼类细菌性败血症疫苗对鲫鱼注射的有效率达90%以上、鳗鲡佐剂苗口服相对成活率约80%，海水鱼类弧菌双价苗、二联苗、三联苗、基因弱毒苗浸泡接种提高成活率约10%～40%。我国局部地区（如江西省泰和县草鱼疫苗注射防病技术普及达80%以上）少部分疫苗已替代部分高残留化药物用于水产养殖生产疾病防治。（3）水产动物免疫研究得到关注，产品研究储备状态良好。近年来，水产动物免疫研究成为热点，得到了国家自然科学基金、973计划、863计划、攻关计划以及省部等科技计划的资助，加上分子技术的应用，一些重要养殖对象的疫苗研究有了飞跃式的进展。可以预见，未来3年～5年将有系列疫苗产品逐步实现商品化并在我国水产养殖生产病害防治中发挥重大作用。
另外，农业行业标准《绿色食品渔药使用准则》（NY/T755-2003）已将鳗弧菌灭活疫苗（预防鳗鱼的弧菌病）、嗜水气单胞菌灭活疫苗（预防淡水鱼类的细菌性败血症）、草鱼出血病灭活疫苗（预防由鱼呼肠弧病毒引起的草鱼出血病）、鱼传染性胰脏坏死病灭活疫苗（预防由传染性胰脏坏死病毒引起的疾病）纳入AA级绿色水产品养殖推荐渔药予以推广使用。
四，水产养殖病宫防治基本思路及对策建议
从我国基本国情出发，建议我国水生动物疾病防治的基本思路是：坚持以"预防为主、防治结合"的方针，以保持优良养殖生态环境为基础，以实现水产品质量安全为目标，重点加强病原监测工作，突出重点疫病管理，以生态、免疫防控为主导，免疫、药物和生态防控相结合的疾病防控技术路线，并积极探索养殖小区标准化生产的有效模式。
（一）加快水生动物疾病防治相关技术研发和设施配套。
一是积极争取财政补贴，加速水生动物疾病快速诊断技术产品和渔药研发进程。当前重点解决如下问题：（1）以孔雀石绿为突破口，加快禁用渔药替代产品研发;（2）加大生态、免疫技术及其产品研发力度;（3）积极推动鱼类疫苗研发基础性工作;（4）对目前允许使用的渔药进一步筛选，并开展药代动力学研究，分批确立最低残留限量、合理休药期及产品质量检测标准，为修改完善规范用药方法提供科学依据。
二是加快水生动物疾病防治关键设施和资质认证配套。
（1）加强水生动物病原库等基础平台建设;（2）加快国家级水生动物疫病预防控制中心建设;（3）落实国家水生动物保护工程建设规划，逐步改善县一级水生动物防疫基础设施，提高基层监测水平;（4）对国家投资建设的省级"三合一"中心进行水生动物疾病预防控制技术力量的相应资质认证，为水生动物疫病管理工作做好技术支撑。