长期以来，我国水产养殖生产经营者多以追求产量和近期经济效益为目标，养殖密度过高，加上保护养殖环境意识淡薄，养殖病害呈逐年加重之势，随之而来的是药物滥用现象较为普遍，以至于水域环境遭到不同程度的破坏，水产品质量安全得不到有效保障，水产养殖业可持续发展受到严重影响，研究解决水产养殖病害防治难题已经成为水产养殖业持续健康发展的重要课题。
一、当前我国水产养殖病害发生总体情况
1、全国水产养殖病害种类及其造成的直接经济损失
据对我国30个省（市、区）74个养殖品种全年病害测报显示，2004年我国监测到的水产养殖病害有126种，病害损失151亿元，其中鱼类损失占54.8%（83亿元），甲壳类27.5%（41.63亿元），贝类15.8%（23.92亿元）。
2、我国水产养殖病害发生的主要特点及趋势
（1）发病品种多：病害测报资料显示，我国主要水产养殖品种都有不同程度的病害发生，几乎所有观察到的水产养殖和野生鱼、虾、蟹、贝、鳖类均有病害发生。
（2）疾病种类较多：监测结果表明有126种病害，其中病毒性疾病17种，细菌性疾病61种，真菌性疾病4种，寄生虫疾病28种，藻类性疾病6种，其它病害3种，不明病因的疾病有9种，较前几年的发病种类有所增加。
（3）综合发病呈普遍趋势：连续五年的全国水产养殖病害监测结果表明，水生动物病害已由单一病原向多病原综合发病演化，并与目前的养殖方式、养殖环境等因素密切相关。
（4）疾病发病时间长，涉及面广：水生动物疾病发病时间由传统的春夏或夏秋两季发病高峰逐步向全年发病过渡，发病区域几乎涵盖所有养殖水域。
（5）水生动物重大疫病有爆发流行的趋势。
二、病害频发的主要原因
1、水产养殖环境状况不断恶化是首要原因;
2、不合理的水产养殖方式给疾病的爆发流行创造了条件;
3、水产种苗及水产品的流通缺乏必要的检疫和隔离制度，为疾病的广泛传播创造了条件;
4、执业兽医制度及兽药处方制度尚未建立，加上渔民科学用药、安全用药的意识差，病急乱用药，给疾病防治增加了难度;
5、科研滞后于水产养殖发展需求，给水产养殖疾病综合防治带来一定的影响;
6、水生动物种质、苗种质量不高，导致养殖动物抗病力下降;
7、现行水生动物防疫体系不健全，滞后于水生动物防疫工作的需要。
三、生态。药物和免疫三种防治疾病方法的基本评价
从目前世界养殖鱼类病害防治的发展趋势看，以化学疗法为特征的抗生素防治手段正在世界范围内逐渐被禁用和取缔，符合环境友好和可持续发展战略的生态、免疫预防技术正在成为国际现代水产养殖业中病害防治的先进手段和主要前沿研究与开发领域。
1、生态防治是健康养殖的主要内容。
水产养殖中的许多病害，不仅与病原微生物的存在有关，而且和养殖水体的微生物生态平衡有着密切的关系。水体中微生物群落的组成直接决定着病原微生物是否会最终导致疾病的发生。微生物生态技术及微生态制剂的使用是健康养殖中病害生态防治的重要途径。
目前，水产养殖使用的有益菌主要有芽孢杆菌、光合细菌（PSB）、乳酸菌、酵母菌、放线菌、硝化细菌、反硝化细菌和有效微生物菌群（EM）等。芽孢杆菌制剂、光合细菌制剂、以乳酸菌为主导菌的EM菌剂等产品已经在养殖生产中使用，其中以对虾养殖使用比较普遍，并取得良好效果。
另外，农业行业标准《绿色食品渔药使用准则》《NY/T755-2003）已将芽孢杆菌（蜡样与枯草芽孢杆菌等）、硝化和反硝化细菌、乳酸杆菌、酵母菌及丝状真菌、光合细菌等五种微生态制剂纳入AA级绿色水产品养殖推荐渔药予以推广使用。
2、化学药物防治是当前水生动物疾病防治不得已的选择和主要方式。
化学药物防治的主要目标是防病、治病，并且具有操作简单、使用方便、药物来源广泛、疗效明显等特点，往往用药对症就能起到预期的防治效果;而政府部门管理水产养殖业的最低目标是不破坏水域环境和保障水产品质量安全，两个目标不完全一致，具体体现在化学药物的负面影响上：一是药物残留难以克服，影响水产品质量安全;二是对水域生态环境有直接的负面影响;三是大量使用化学药物容易使部分病原产生耐药性，不仅使水生动物疾病控制难度加大，更为严重的是，一旦这些病原菌的耐药质粒传递给人类，将会给人类临床上细菌性传染疾病的治疗带来很大的困难。