冷藏初期的菌群变化是正常的，除了好冷的不动细菌和摩氏杆菌呈上升趋势，其他菌群比例都有所下降，出现了较高比例的假单胞菌和一定比例的腐败希瓦氏菌（Shewanellaputrefa鄄ciens）。假单胞菌和腐败希瓦氏菌在低温条件下比其他细菌生长显著快，尤其腐败希瓦氏菌。

　　货架期结束时菌相趋于简单，腐败希瓦氏菌占86%，出现了原来属于假单胞菌属的缺陷短波单胞菌。腐败希瓦氏菌即原来属于假单胞菌属非好盐性Ⅳ群（PseudomonasⅣ–NH）的腐败假单胞菌（Ps.putrefaciens），后来根据GC%转为交替单胞菌属（Alteromonasspp.），但依据5SRNA又重新归为一个新属希瓦氏菌属（Shewanellaspp.），在低温下生长速度快，腐败活性强，产生H2S、不良气味产物和还原氧化三甲氨（TMAO），是有名的冰藏鱼腐败菌，已经被确认为冷藏冷温海水鱼特定腐败菌。缺陷短波单胞菌也是冷藏鱼腐败菌。

　　许多研究者指出，清洁未污染冷水及温水海域捕获鱼细菌相中，非发酵适冷或好冷革兰氏阴性菌占优势，有假单胞菌、摩氏杆菌、不动细菌、产碱杆菌，希瓦氏菌、黄杆菌等，例如地中海沙丁鱼初始菌以假单胞菌、好冷菌（Psy鄄chrobacter）、不动细菌等革兰氏阴性菌为主。但温带水域中发酵型革兰氏阴性菌气单胞菌、弧菌也是常见水生菌和鱼类典型菌。例如日本近海捕获鱼弧菌较多。澳大利亚暖水海域捕获鱼以革兰氏阳性菌小球菌、芽孢杆菌（Bacillusspp.）、类棒状杆菌（Coryneforms）为主。

　　本研究养殖大黄鱼取自福建闽东三都湾养殖区（中国东海约N27°30′），海水温度周年变化幅度约为11.6℃~29.4℃，刚捕获大黄鱼菌群中气单胞菌、嗜麦芽窄食单胞菌、不动细菌、摩氏杆菌属正常暖温带海域细菌，但嗜水气单胞菌和肠细菌科的阴沟肠杆菌和弗氏柠檬酸杆菌占较大比例，与自然海域鱼的细菌群有很大不同，应该引起足够重视，看来清洁养殖势在必行。另外弧菌（Vibriospp.）是典型暖温带海水菌，但在刚捕获大黄鱼中未检出，可能是因为其数量少，也可能是因为所用培养基中含盐量较少，或培养温度较低，对其生长不太适宜。

　　大黄鱼细菌菌落包括许多腐败细菌，依据细菌活性和腐败时出现几率来确定对腐败的重要性，腐败速率主要受鱼体温度和腐败细菌数两个因素及优势腐败菌的增殖速率影响。鱼捕获后到货架期终点，主要腐败菌根据鱼种、海域、贮藏条件的差异而不同，有氧冷藏（-1.5℃~15℃贮藏）温带海水鱼优势腐败菌为腐败希瓦氏菌，热带海水鱼冷藏中假单胞菌和腐败希瓦氏菌为优势腐败菌。本研究养殖大黄鱼捕获于东海暖温水海域，冷却链货架期终点腐败希瓦氏菌比例占86%，是冷却链大黄鱼的主要腐败菌，与其他作者的研究结果相一致。

　　腐败和致病菌危害是食用鱼类细菌学研究的两个主要方面，其中对腐败菌的研究更为普遍。鱼在捕获、处理、流通、贮藏等环节中，菌数和菌相与海域环境、处理中设备和人等的卫生状况以及冷却温度条件相关，清洁冷水海域鱼比暖水海域鱼菌数稍低，在污染暖水海域中捕获的鱼菌数甚至高达107cfu/g。从本研究可知，冷却链冰鲜大黄鱼产品的微生物污染主要来自养殖海域环境。养殖海水中原有细菌与陆上细菌混合在一起，构成了复杂的细菌相，直到冷藏初期，细菌相复杂，细菌数比远洋和深海鱼细菌数高，其中阴沟肠杆菌和弗氏柠檬酸杆菌低温可以生长，能还原TMAO和产生腐败气味，给大黄鱼冷却链造成不利影响。但决定冷却链大黄鱼货架期的优势腐败菌腐败希瓦氏菌在刚捕获大黄鱼中比例很少，没有检出，这是养殖大黄鱼冷却链货架期较长的一个主要原因。如果加强捕获后的冷却，形成自捕获至卖出的连续不断的0℃~8℃冷却链，货架期将会更长。对于我国这样幅员辽阔、人口众多、养殖鱼产量大因而需要大量远距离流通和出口的情况，这是非常重要的。