常规诊断方法：
1、调查访问：①调查日常饲养管理情况，包括清塘方法，养殖的种类、来源、密度，苗种入池前是否经过消毒及用什么药物消毒，投饲、施肥的种类；数量和质量等。②调查有关的环境因子，包括了解水源中有无污染源，水质情况，水温的变化情况，养殖水域周围的农田施药情况，养殖水域的大小、深浅、底质情况、有无敌害生物及有无水产动物某种寄生虫的中间寄主，周围有无水产动物某种寄生虫的终末寄主等。③调查发病情况和曾经采用过的防治措施。
2、对患病机体进行解剖检查：一般是先检查外部，再检查内部；同时每一部位的检查，都是先用肉眼检查，然后再用显微镜检查。肉眼检查是用眼睛仔细观察各部位有无充血、发炎、溃烂、变色、粘液增多、粗糙、肿胀、小点、畸形及肉眼可见的大型病虫害等。显微镜检查是在干净的载玻片上加一滴清水(检查体表时，淡水种类用自来水，海水种类用清洁的海水；检查内部组织器官时均用生理盐水)，然后将要检查的粘液、组织或病虫害放入水滴中，盖上盖玻片，先用低倍镜观察，然后再用高倍镜观察。
3、通过免疫学诊断、病理学诊断，或进行病原体的分离、培养、鉴定等方法，对细菌病及病毒病进行确诊。
4、对食物、水质、机体进行分析测定，诊断中毒及营养不良病。
寄生虫病的诊断方法
采用显微镜检查患病机体，即可对鱼类寄生虫病作出诊断。但要鉴定寄生虫的种类时，还需要进行寄生虫的染色、解剖、切片、培养及查明其生活史。
真菌病、细菌病和病毒病的诊断方法
真菌病一般采用显微镜检查患病机体，即可作出诊断。但要鉴定真菌的种类时，还需进行分离培养，查明其无性繁殖及有性繁殖的情况。根据不同疾病采取免疫学诊断、病理学诊断、人工感染试验或对病原体进行分离、培养、鉴定等工作，来诊断细菌病和病毒病。以前，水产养殖动物的疾病的种类不多，根据调查访问及对患病机体的解剖检查就可以诊断为患哪一种病。但随着疾病的种类不断增加，有些疾病的症状相似或基本相同，仅仅根据调查访问和患病机体的解剖检查就不能作出正确诊断，尤其是对治疗方法不同而症状又相似的疾病就特别要注意。
因环境不良、中毒和营养不良而引起的疾病的诊断方法
根据调查访问和对患病机体的解剖检查，初步怀疑是由环境不良或中毒引起的疾病，那就需要及时对水质、底泥、饲料和患病机体进行分析测定；由某种浮游生物大量繁殖引起的中毒，则需对该浮游生物进行鉴定。当然有些疾病在没有进一步进行水质等分析测定时就可以作出正确诊断，如由于缺氧引起的浮头和泛池。
鱼病诊断应注意事项：
1、调查访问和病体的解剖检查必须交替进行。
2、供检查用的病体应选择症状明显，尚未死亡。
3、要尽量多检查几条病体。
4、解剖检查时，由表及里，对病变及易感组织先进行镜检，再对其余组织进行镜检。
5、解剖病体时，注意不能将内脏剪破。
6、解剖工具必须洗干净。
7、检查体表及鳃用自来水或海水；检查内脏及眼睛、肌肉用生理盐。
8、压片检查时，取的组织块不能太多。
9、根据各种病的轻重及危害性，找出主要矛盾先解决。
10、每次进行诊断都必须做好详细记录。