肥料是提高农产品产量、改善农产品品质的重要生产资料，肥料的不合理使用会给农产品质量安全带来很大威胁。2002年，农业部将无公害农产品、绿色食品和有机农产品(简称“三品”)纳入安全农产品范畴，形成了“三位一体、整体推进”的发展格局，是农产品质量安全工作的重要内容。生产“三品”，也要根据不同要求选用肥料并注意施肥原则。
不同认证农产品肥料施用原则
    由于“三品”各自的定位与侧重点不同，其肥料施用原则也各不相同。
    ◆无公害农产品肥料施用原则
    对于无公害农产品肥料的施用没有专门的标准进行规定，主要依据NY／T5000系列标准中的各种(类)作物的生产技术规程，对于肥料的使用因作物品种而异，但总的原则是执行NY／T496-2002《肥料合理使用准则通则》，这些标准均为推荐性农业行业标准。无公害农产品生产中强调平衡施肥，禁止使用未经无害化处理和重金属含量超标的城市垃圾、污泥和有机肥。果品生产中限制使用含氯化肥和含氯复合(混)肥。
    ◆绿色食品肥料施用原则
    绿色食品对肥料的施用遵循NY／T394-2000《绿色食品 肥料使用准则》，该标准为推荐性农业行业标准。其基本原则是：肥料使用必须满足作物对营养元素的需要，使足够数量的有机物质返回土壤，以保持或增加土壤肥力及土壤生物活性。准则中允许使用化学肥料，但禁止使用硝态氮肥，并规定了有机氮与无机氮的使用比例及追肥的安全间隔期，同时明确限定了经无害化处理的城市生活垃圾的使用量。
    ◆有机农产品肥料施用原则
    有机农产品肥料施用执行GB／T19630.1-2005《有机产品 第1部分：生产》，该标准为推荐性国家标准。有机农产品生产中肥料使用基本原则是通过回收、再生和补充土壤有机质和养分来补充因作物收获而从土壤带走的有机质和土壤养分。有机肥应主要源于本农场或有机农场；限制使用人粪尿；天然矿物肥料和生物肥料不得作为系统中营养循环的替代物；禁止使用化学合成肥料和城市污水污泥。
不同认证农产品允许使用的肥料种类
    因为肥料分类的方法很多，“三品”的相关标准中采用了不同的分类方法。无公害农产品的生产技术规程因由不同的单位起草，没有具体的分类方法，部分标准中涉及了植物生长调节剂；绿色食品肥料使用准则中将肥料分为农家肥料、商品肥料和其他肥料；有机农产品标准中将允许使用的土壤培肥和改良物质分为植物和动物来源物质、矿物来源物质和微生物来源物质。为了便于比较，采用《绿色食品 肥料使用准则》中对肥料的分类，将肥料分为农家肥料、商品肥料和其他肥料，并将植物生长调节剂也列入比较范围。
    如表可见，大多数肥料品种都可以在无公害农产品生产中使用，部分肥料在作物中被限制使用；绿色食品生产中肥料使用强调有机肥与无机肥合理配比使用，禁止在肥料中添加转基因成分和植物生长调节剂；有机食品生产中禁止使用含有化学成分的肥料、含有转基因成分的肥料，限量使用保持天然组分的矿物肥料和生物肥料。