尿素分解为碳酸铵后，土壤的ph值有所提高，但随土壤中硝化作用的进行以及作物对铵的吸收，ph值随着下降。这种变化在缓冲性能较大的土壤中，往往不易觉察出来。
　　
　　尿素可作基肥和追肥，一般不作种肥，秧田也不要使用。因为高浓度的尿素能破坏蛋白质的结构，使蛋白质变质，影响种子发芽和幼苗根系生长，严重时能使种子失去发芽能力。如果作种肥施用，须先和干细土混合施在种子下一定的距离，避免肥料和种子直接接触。
　　
　　（1）作基肥。尿素作水田基肥时，要在灌水前5—7天撒施翻耕到土内，施用后不要急于灌水，待尿素转变为碳酸铵后，再进行灌水整地，以免肥分流失。最好在整地时用作耙面肥，深度以10厘米左右为宜。在整地过程中不能随便放水。
　　
　　在旱田施用时，应深施盖土10厘米左右，减少氮素挥发损失。可在耕翻后耙田前，掺少量有机肥（猪粪），混匀后撒施，然后耙入土中，做到全层施肥。
　　
　　（2）作追肥。尿素用作水田追肥时，要先排水，保持浅水层，再结合除草耘田深施。施后二、三天内不要灌水。追肥时期要比硫铵适当提前几天。
　　
　　尿素宜作旱田追肥。玉米、高梁、谷子等作物可在拔节到孕穗时，穴施或沟施，并应深施盖土，防止分解后挥发损失。施用时期应比追硫铵提前4—5天。
　　
　　（3）作根外追肥。尿素作根外追肥比其他氮肥效果好，其原因是：尿素是中性肥料，而且是有机化合物，不含副成分，对作物茎叶灼伤很小；尿素分子体积小，容易透过细胞膜进入细胞，尿素本身有吸湿性，容易被叶片吸收；尿素往叶内透入时，引起质壁分离的情况较少，即使发生，也容易恢复。