发展思路与目标：应加强微生物肥料的基础和应用基础研究，在未来5至10年内，重点突破菌种构建技术、菌株组合技术，在载体、剂型、发酵工艺、设备方面取得拥有自主知识产权的关键技术。拓宽产品领域，研制一批新型微生物肥料产品；加强质量标准和检测技术研究，形成微生物肥料先进、快速、准确的质检技术体系，是我国微生物肥料产业健康发展。
 
5、商品化有机肥料存在问题是：1）快速发酵技术研究滞后。我国在高温快速发酵生物制剂、发展生物-化学-物理连用快速综合发酵系统、快速高效除臭技术、快速连续发酵工艺和设备配套僧方面的关键技术没有取得突破，主要是引进或借鉴国外技术，缺乏拥有知识产权的关键技术。引进的国外技术发酵成本高，在国内实用性差。2）肥料制作的关键技术有待突破。发酵物料制成商品化有机肥料产品的剂型、生物有机肥料制作、有机无机配伍、有机复合缓释肥料制作、造粒粘结剂技术，以及工艺设备技术等有待突破。
 
发展思路与目标：在未来5至10年内，加强有机物料快速发酵和除臭技术领域的基础研究；建立我国拥有自主知识产权有机物料高温连续快速发酵系统；开展商品有机肥产业化关键技术研究，搭建我国商品有机肥产业化技术平台；推动我国商品有机肥产业化发展，实现传统有机肥产品升级。
 
6、新型功能肥料
 
该领域的研究刚刚起步，存在的技术问题还很多。今后研究重点应放在基础和应用基础研究上。用5至10年的时间，突破关键技术，初步构建产业化平台，某些领域实现产业化。重点加强研究的领域包括：促进作物根细向众深发展的功能肥料、作物挺立性的抗倒伏功能的肥料、以无机营养元素取代有机杀虫（菌）级的环境友好型肥料、用非水溶性磷肥提供灌溉施肥源的肥料、保水型肥料等。
 
“十一五”我国新型肥料发展的重点领域
 
1、缓/控释肥料
 
针对我国控释材料创新滞后，产品技术薄弱，红以设备不配套、难以形成产业化，高技术储备不足、质量标准空白等关键问题，以面向大田作物生产为主要目标，以制约我国控释肥料发展的材料、工艺设备、生产和使用的技术质量标准体系、新型肥料中试和产业化等重大关键问题为重点突破，研制有中国特色的环境友好、高效、嘉廉的新型缓/控释肥料技术平台；培养一支多学科交叉、应用基础与工程技术相结合的科技骨干队伍，以加速我国肥料产业现代化进程，为农产品安全生产和提高我国农产品的国际竞争力提供技术支撑。研究按前沿技术，重大关键技术，中试与产业化3个层次展开。
 
前沿技术主要是研究开发新型控释材料。重点包括高空时性能营养包膜材料、有机高分子控释新材料、工农业废弃物改性控释新材料、有机无机符合控释材料，以及新型酶类控释剂的研究与开发。
 
重大关键技术主要是新型控释肥料生产工艺设备及产业化关键技术，重点包括营养材料包膜性控释肥料生产工艺及产业化技术，高聚物薄一控释肥料生产工艺及产业化技术，基质复合与胶结型控释肥料工艺及产业化技术，化学抑制剂性控释肥料工艺及产业技术，微溶性缓释肥料生产工艺及产业化技术以及控释肥料实用技术、生产技术规模、产品质量标准体系与评价机构。
 
2、微生物肥料
 
针对我国微生物肥料基础和应用基础研究严重滞后，产业化规模较小、产品质量差、质量标准与质检技术不完善等主要问题，在菌种构建技术、组合技术、载体、剂型、发酵工艺、设备、质量别准和监测技术等关键技术领域取得突破；拓宽产品领域，开发一批新型微生物肥料产品；构建我国微生物肥料产业化技术平台；培养一支微生物肥料研究与开发队伍，以促进我国微生物肥料产业现代化研究，从前沿技术、重大关键技术、中试与产业化3个层次开展。
 
前沿技术主要是高效微生物肥料菌剂的筛选与构建，重点包括固氮、抗逆、高竞争力的根瘤菌株的研究，新型抗逆PGPR菌株研究，高小抗逆溶磷、解钾、降解农药、作物秸秆腐熟等功能性菌株研究，联合菌群的组合及发酵技术研究，新型微生物肥料载体、剂型、粘着剂研究，以及微生物肥料质量标准与高效、快速、准确检测研究。
 
重大关键技术主要是新型微生物肥料生产工艺及产业化关键技术，重点包括新型高效固氮、抗逆、高竞争力的根瘤菌肥料生产工艺及产业化技术，根瘤菌+PGPR生产工艺及产业化技术，高效抗逆溶磷、解钾、降解农药、防病等功能微生物肥料生产工艺产业化技术，高效、快速作物秸秆腐熟菌剂生产工艺及产业化技术，以及微生物肥料应用技术与评价研究。中试与产业化示范，对重大产品重点进行中试与产业化示范，促进技术转化为生产力。