一、棉花苗期主要病害有根病和叶病
 　　1.根病类：苗期在子叶期至2片真叶期易发生，主要有：(1)立枯病嫩茎基部靠近地面处出现淡黄色病斑，病斑在基部围绕嫩茎发展，颜色逐渐发深，形成黑褐色病斑而腐烂，致使幼苗直立枯死而不倒。(2)炭疽病病苗在根茎交界处出现红褐色条斑，组织硬化、凹陷、开裂，严重时病部变褐，湿度大时病斑上有红色黏稠胶状物，幼苗干枯不长，或死苗。(3)红腐病又叫烂根病，芽苗出土前就开始发病，棉籽虽已发芽，但幼芽变为黄褐色，腐烂死亡。子叶期发病，根尖从黄变褐，而后根全部变为黄褐色，嫩茎和根变肥、肿大，有分段的黄褐色病斑，逐渐变黑褐色、干腐而死。
 　　2.叶病：类苗期叶病发生在幼苗的子叶上或真叶上，主要有：(1)黑斑病。由几种病原菌混合为害引起，主要发生在子叶上。病苗子叶上出现很多黑色病斑，病斑周围有紫红色晕圈，病斑近圆形或不规则形，引起子叶枯焦。叶柄上出现黄褐色病斑，围绕叶柄发展，形成环状斑，致使叶片脱落。(2)茎枯病。从棉苗后期到成株期均能发生，为害叶片和嫩梢。叶片上病斑呈淡褐色，近圆形，边缘紫红色，斑内可见一些小黑点(病斑的孢子器)。嫩梢上及叶柄上为褐色梭形，可引起嫩稍枯死，叶柄及叶片脱落。(3)角斑病。是细菌性病害，发生在子叶、真叶及嫩茎上，病斑最初呈水渍状，后变黑褐色，在真叶上，因受叶脉限制而呈多角形，有时病斑沿叶脉发展呈长条弯曲状。子叶上病斑沿叶柄发展可侵染到子叶节。嫩茎上的病斑呈黑绿色，逐步发展成黑褐色条斑。(4)苗期枯萎病。从子叶期即可发病，定苗前后达到高峰。病苗叶片上出现褪色斑，斑内的微细叶脉变黄，呈黄色网状纹，也有子叶变紫红色，出现紫色网状纹。病苗根茎外表无症状，但茎内的木质部呈褐色条纹，最后病苗萎蔫枯死。
 　　二、发病条件：
 　　1.主要是温湿度，阴雨天多最适棉苗病害发生。低温多雨，常诱发棉苗病害严重发生，
 　　2.种子质量：质量差的种子，特别是具有较多秕籽、破籽的种子，播后很易被病菌侵染，并向周围扩散，形成发病中心，而造成缺苗断垄，甚至随补随烂，出现多次重播的现象。
 　　3.播期和播种深度：播种过早或过深，使出苗延迟，棉苗弱小，抵抗力差，容易感病，露地栽培播深以4～5厘米为宜，地膜覆盖以2～3厘米为为宜。