瓜蒌病害较轻，栽培时主要以防治虫害为主。

(1)黄守瓜为害叶部，幼虫还可蛀入主根。防治方法：用90%敌百虫1000倍液喷雾，幼虫期可用鱼藤精1000倍液或30倍的烟碱水灌根。

(2)瓜蒌透翅蛾7月始发，北方多见，以幼虫为害地上部。防治方法：发病初期用80%敌敌畏乳剂1000倍液喷施。

(3)瓜蚜又名棉蚜，为害幼嫩心叶。防治方法：用40%乐果1000-1500倍液喷杀。

此外，尚有根结线虫病、根腐病及蛴螬等地下病虫害为害。