黑霉菌的正式名称叫链格孢菌(Alternariaspp)属半知菌亚门，该杂菌在菌种分离、提纯、转扩及菌种生产过程出现率较高，在马铃薯蔗糖琼脂培养基上生长时，其菌落圆形，黑色或墨绿色，绒状，栽培过程培养料受其污染后变黑色腐烂状，使金针菇的菌丝生长受抑制或不能生长。

黑霉菌分布广泛，消毒灭菌不彻底以及分离接种等操作过程不是在无菌条件下进行均可引起污染。