牡丹不同的品种，其芽形与芽色也不尽相同。“洛阳春”的芽尖而圆；“朱砂垒”的芽呈狭尖型；“青龙卧墨池”的芽尖而带钩，好似鹰嘴。至于芽色就更为丰富：“百花妒”的芽为黄绿色；“脂红”的芽为绿色；“墨魁”的芽为暗紫色等。芽色与花色有一定的相关性，芽色深者，花色也深；芽色浅者，花色也浅。 

    从果实上识别 

    一般结实力强，心皮呈开张轮状辐射排列的品种，多为单瓣和半重瓣品种，如“似金莲”、“凤丹”等。结实率低，果实成簇生状，多为重瓣起楼品种，如“二乔”、“朱砂垒”等。 

    从根上分辩 

    牡丹的根部也作为区别其品种的辅助手段。一些品种根系中毛细根少，根的粗细较均匀，如“葛巾紫”。另一些品种有较多毛细根，呈蓬状，如“瑛王名宝珠”大多数品种根为白、黄白、红白色等，而“首案红”根呈紫红色，为识别此品种的重要依据之一。