（2）显微镜检查 在肉眼观察的基础上，从体表和体内出现病症的部位，用解剖刀和镊子取少量组织或者黏液，置于载玻片上，加1～2滴清水（从内部脏器上采取的样品应该添加生理盐水），盖上盖玻片，稍稍压平，然后放在显微镜下观察。特别应注意对肉眼观察时有明显病变症状的部位作重点检查。显微镜检查特别有助于对原生动物等微小的寄生虫引起疾病的确诊。
3.确诊根据对鱼体检查的结果，结合各种疾病发生的基本规律，就基本上可以明确疾病发生原因而作出准确诊断了。需要注意的是，当从鱼体上同时检查出两种或者两种以上的病原体时，如果两种病原体是同时感染的，即称为并发症，若是先后感染的两种病原体，则将先感染的称为原发性疾病，后感染的称为继发性疾病。对于并发症的治疗应该同时进行，或者选用对两种病原体都有效的药物进行治疗。由于继发性疾病大多是原发性疾病造成鱼体损伤后发生的，对于这种状况，应该找到主次矛盾后，依次进行治疗。
对于症状明显，病情单纯的疾病，凭肉眼观察即可作出准确的诊断。但是，对于症状不明显，病情复杂的疾病，就需要作更详细的检查方可作出准确的诊断。当遇到这种情况时，应该委托当地水产研究部门的专业人员协助诊断。
当由于症状不明显，无法作出准确诊断时，也可以根据经验采用药物边治疗，边观察，进行所谓试验性治疗，积累经验。