跟畜禽动物养殖最大的不同，水产养殖主要依靠水环境生态系统生产产品，在这一点上，水产养殖与种植业很相似。除去良种、疫病防治在养殖业和种植业上共同需要之外，就生产对象来说，畜禽类全是恒温动物，生活环境稳定，影响其生长的主要因素是适宜的饲料。种植业则依靠适宜的气候、光照、充足的肥料供应。水产养殖业既依靠充足优良的饲料，也依靠良好的水环境，而且，良好的水环境是水产饲料充分发挥营养作用的前提，就是说，饲料做的再好，水不好也白搭！这个道理对水中摄食天然饵料的种类同样适用。因此，可以说，水环境的好坏是水产养殖成功与否的关键所在！
那么什么才是好的水环境呢？如何才能保持水环境良好呢？弄清楚这个问题，对于水产养殖可以说是至关重要。对于良好水环境的标准，我国有一个强制性国家标准，这就是GB11607-89渔业水质标准。只要养殖水体各项指标均符合这个标准，就是好的水环境。其中对水体溶解氧的规定是：连续24小时中，16小时以上必须大于5毫克/升，其余任何时候不得低于3毫克/升，对于鲑科鱼类栖息水.域冰封期其余任何时候不得低于4毫克/升;对pH值的规定是：淡水pH值6.5～8.5，海水7.0～8.5;对生化需氧量（五天，20℃）的规定是：不超过5毫克/升，冰封期不超过3毫克/升。对绝大多数高密度养殖水体来说，达到这个要求是很困难的，主要原因就是水体内有机物含量太高。那么水体内的有机物是靠什么去掉的呢？没有进行水产养殖的天然水体内的生态系统是怎么运转的呢？
生产者（沉水植物和浮游植物）利用进入水体内的阳光把分解者（细菌和真菌）分解有机物产生怕无机盐类等吸收利用。也就是说水体内的有机物是通过细菌和真菌来除去的。所以在高密度养殖水体中必须通过增加水体中有益的细菌和真菌（也就是我们通常所说的微生物）来达到分解有机物的目的。
微生物包含浮游的微藻及细菌、真菌。浮游微藻的主要作用是进行光合作用、吸收水体中的二氧化碳，提供水生动物呼吸所需要的氧气，以及提高水体的溶氧量从而避免水体因缺氧而导致有害物质的滋生。细菌和真菌类在水体中的主要作用是分解水体中沉积物，保持水质的清爽。但如果在缺氧条件下，反而进行无氧分解，产生有害物质，从而影响水体中养殖物种。所以说必须先要有生产者产生氧气，为水体中所有生物提供充足的氧气，这样就会避免出现无氧分解，使水体中的沉积物能够充分完全的分解。
微生物最主要的作用是对水体水质的改善。它通过一系列物理和化学作用起到改善水质的作用。特别对于高密度养殖的水体，由于养殖密度大，养殖面积有限，所以水体的自净能力非常有限，到了养殖的中后期，常常会因为水质的变坏导致疾病的发生。所以在高密度养殖水体中要定期加入有益微生物来改善水质，减少疾病的发生。如果有益微生物在水体中达到一定的数量，就会形成特定的种群，这样在生存竞争中，有益微生物就会抑制有害微生物的生长，这样就会在很大程度上提高水体的质量，使水体保持一个很好的稳定状态。这样对水生动物也是非常有利的，使它们生活在稳定的水环境中，对它们的生长发育非常有利。
而微生物对水生动物的免疫功能也有很大的影响。微生物能够提高水生动物机体抗病能力。如在"光合细菌作为对虾育苗池的水质净化剂和对虾幼体的辅助饵料试验"研究中，结果表明：试验组对虾幼体平均成活率为58%，而对照组平均仅为21%，提高了17%。另外，试验组无论是病原体出现的种类、数量和危害程度都远远低于对照组，细菌性疾病也明显减少。有这种作用的原因是：第一，可降低水中及水生动物内溶解有机物的含量，防止有害物质如氨和胺的产生或吸收利用水体中的氨氮等有害物质，改善水体和体内环境。第二，微生物在动物消化道中起到提供营养、促进吸收、提高饲料转化率的作用，在水体中能形成生物团，增加基础饵料的数量，促进水生动物的生长。第三，形成优势种群，与病原菌竞争生态环境，抑制有害菌的繁殖，维持机体微生态平衡。
综上所述，有益微生物在水体中起着非常重要的作用。所以要对微生物在水产养殖上的应用做更深更细的研究，从而提高水产养殖技术，为我国的水产养殖业服务。