由于我国加入WTO，一些发达国家不能再依靠指定配额来限制我国水产品出口，于是纷纷提高进口产品的质量检测指标，即“绿色壁垒”来提高进口的门槛，而这样的贸易壁垒又是WTO所允许。在罗非鱼产品中，产品质量、生态养殖技术、开展绿色、有机罗非鱼生产正受到越来越多的重视。“孔雀石绿”、结晶紫、氯霉素等药物残留在美欧受到严格控制。所以如果我国罗非鱼产品要进入美欧市场，就必须设立我们自己的罗非鱼出口产品质量监测体系，并根据国际市场的发展逐步提高安全、卫生等指标，达到国际先进水平，从而提高我国罗非鱼产品质量，以此主动打破贸易壁垒，让更多高质量的罗非鱼产品打入国际市场，树立良好的品牌形象。
　　5、在品质及规格上与国际市场有较大差距。
　　目前，我国罗非鱼产品出口在规格及品质上与国际市场有较大差距：(1)国际市场上冷冻罗非鱼片以4至6盎司，5至7盎司为主。而我国的罗非鱼加工企业却很难大量获取此类规格的罗非鱼，冷鲜罗非鱼鱼片，在保鲜技术上又远远落后，使得我国罗非鱼加工企业不能为美欧市场提供最受消费者欢迎的高附加值的产品。(2)罗非鱼为杂食性鱼类，常有欧美人讨厌的泥腥味，因此上市前必须改良饲料，改善水质(必要时可泼洒一些沸石粉)，要在清水中暂养一段时间，当然最好用海水，这样可去除泥腥味，并使肉质紧密富有弹性，符合国际市场对品质的要求。但由于技术及其它原因，我国罗非鱼产品较少有达到此等高品质的要求。
　　6、生物技术在罗非鱼加工中应用不足。
　　在我国传统的罗非鱼加工产品中，冷冻两去全罗非鱼(去内脏、去鳞)，由于加工条件有限(机械不完善、不先进所至)，会产生大量的下脚料，如果不进行有效的处理，不仅会污染环境，浪费宝贵的蛋白质资源(经检测，罗非鱼下脚料中含有完全的肌蛋白、肌蛋白质、肌动蛋白、胶元蛋白、粘蛋白、软骨蛋白、弹性蛋白等成份)。目前，这些废物的利用仅限于加工咸鱼粉等低值制品，未能充分利用蛋白质资源。如果能利用生物工程技术、酶工程技术，则下脚料经过脱腥脱臭技术处理，开发必须氨基酸含量高而价格合理的功能性食品及蛋白源配制颗料饲料(宠物用饲料)而出口或内销，则能很好提高罗非鱼深加工的附加值，并大幅度增加企业经济效益。
　　虽然，我国罗非鱼加工业存在不少问题，但在国际市场对罗非鱼产品有巨大的需求，我国罗非鱼资源丰富、生产成本低廉等优势下，罗非鱼加工业具有巨大的前景及强劲的产业带动能力。在以后的发展中，以罗非鱼龙头企业+基地+农户的产业化组织形式，建立完善的技术和质量安全检测监督体系，实施龙头加工企业带动战略，扶持、发展、壮大一批具有竞争力的水产加工流通企业，增强辐射带动作用，形成企业发展规模化基地、基地带场、场带养殖户的联动局面，将质量优、效益佳、市场前景看好的罗非鱼产品培植成国际和国内名牌，以此带动相关企业或产品的发展，实现罗非鱼产业目标，使我国罗非鱼生产在国际市场上具有核心竞争力。