淡水石斑鱼体型为纺锤型，口上位。其躯干两侧各有8条黑纹，垂直黑条纹中央有较黑的色素块。胸鳍淡黄色，腹鳍、背鳍、臀鳍皆具有黑色条纹，尾鳍黑色条纹与身体垂直。除黑白条纹外，成鱼体表略带黄色，体色随外界水环境及生殖期间起适应性变化。繁殖时，雄鱼体色较黑，雌鱼体色较淡，并带有黄色，腹鳍胸位，尾鳍圆尾型，具生殖突。幼鱼眼眶为红色，成鱼眼眶为银黄色。鳞片为圆鳞，较大。侧线鳞断续。鳞式为：背鳍（D）XVIII-12，臀鳍（A）VII-10，腹鳍（V）I-5，胸鳍（P）4。