1、肥料的选择 
    应选择施用不对环境和蔬菜营养、品质等产生不良后果的肥料类型和种类。安全蔬菜生产中能够施用的肥料类型和种类可包括以下几种：有机肥包括农家肥和商品有机肥料，农家肥又包括堆肥、泥肥、饼肥、厩肥、沼气肥、绿肥、作物秸秆等。其中堆肥应符合NY/T394-2000《高温堆肥卫生标准》。商品有机肥料应符合NY/T5018中《有机肥料中污染物质允许含量标准》。微生物肥料包括腐殖酸类肥料、根瘤菌肥料、钾细菌肥料、磷细菌肥料以及复合型微生物肥料等。微生物肥料有效活菌数必须符合《微生物肥料》ＮＹ227中4.1的要求，卫生指标必须达到ＮＹ227中4.２《成品无害化指标》要求。无机矿质肥料包括无机氮肥、矿物钾肥、矿物磷肥。无机氮肥应选择施用铵态氮肥或尿素；磷、钾肥应符合NY/T394-2000卫生标准要求，其中磷肥提倡施用煅烧磷酸盐，杂质控制指标为：每含1%P2O5，Ａs≤0.004%，Cd≤0.01%，Pb≤0.002%；钾肥提倡施用硫酸钾，杂质控制指标为：每含1%K2O，As≤0.004%，Cl≤3%，H2SO4≤0.5%。中微量元素肥料钙、镁、铜、铁、硼、锌、钼、锰等中微量元素以单元素为主或几种元素配制的肥料。
    2、肥料的合理施用
    （1）增施有机肥施用有机肥不仅施用量要充足，而且必须做到无害化。NY/T394-2000《 绿色食品 肥料施用准则》要求生产安全蔬菜，应当选用正式推荐用于安全蔬菜生产的并经过充分腐熟(无害化处理)的有机肥料（如堆肥、沤肥、厩肥、沼气肥、绿肥、农作物秸秆、泥肥、饼肥等），严禁施用未腐熟的有机肥料。
    （2）合理施用氮肥安全蔬菜生产中应优先选择施用铵态氮肥和尿素，一般不提倡单独施用硝态氮肥。生产中应根据产量指标，确定适宜的氮肥施用量，以获得高产优质的蔬菜。氮肥施用上应采取“前重后轻”的措施，其中1/3用于基施，2/3用于追施，叶菜类、根茎类等一次性收获的蔬菜应当执行不少于30天的安全间隔期。为降低和控制蔬菜硝酸盐含量，可采用氮抑制剂如双氰胺来抑制土壤消化细菌的活性，从而达到减少土壤和蔬菜硝酸盐含量积累的目的。
    （3）平衡施肥开展蔬菜平衡施肥，改变传统盲目的施肥为定量、科学的施肥，充分提高肥料的利用率和蔬菜产量，改善蔬菜产品品质，提高施肥的经济、生态、社会效益。实现以最少的投入，取得最佳的效益。做到氮、磷、钾和钙、镁等及各种微量元素肥料的合理搭配，使各种营养元素之间保持适当的比例，达到全价营养，避免蔬菜产品过量累积硝酸盐。
    （4）增施生物肥合理施用生物肥料，包括生物菌剂和生物有机肥，如根瘤菌类肥、固氮菌类肥、解磷菌类肥、解钾菌类肥及几种菌类的复合肥，有助于土壤中营养元素肥效的提高，减少化肥施用量。在微生物作用下，产生和分解蔬菜作物所需要的营养物，既能供给氮、磷、钾营养元素，又能供给作物钙、镁、硫、铁、锰、锌、铜、硼、钼、钴、硅等十几种中微量元素，而且氮、磷、钾等营养元素的释放，受微生物的调控，能够较理想地满足蔬菜作物对氮、磷、钾以及中微量元素之间的平衡要求。长期施用可达到用地养地两结合之效，能逐年增加土壤有机质含量，改变土壤理化性状，明显提高土壤中水、肥、气、热的综合作用，用的时间越长，地力越肥，增产越多，是一种可持续良性循环，同时又是一种既能降低蔬菜体内硝酸盐含量，又能保持蔬菜高产的技术措施。
    （5）采取科学施肥方式在施肥方式上做到基施深施，追施限量。用化肥作基肥时进行深施，作追肥时尽量“小吃多餐”，最好将化肥与有机肥混合后施于地面，然后进行耕翻。追肥一般很难深施，故应严格控制多次施肥，宁可用增加追肥次数的办法，以满足蔬菜对养分的需求，不可一次施肥过多，造成蔬菜体內养分不平衡，降低蔬菜的品质。对于生长期较短的蔬菜，采用一次性基肥较后期追肥对降低硝酸盐含量更为有效。