据调查，菜田使用化肥虽略有下降，但每年每亩菜田使用化肥数量仍超过200公斤，达到250公斤，这对生产安全卫生蔬菜，提高蔬菜质量是十分不利的，影响人民的身体健康。为此，在大力提倡施用商品有机肥的同时，应减少菜田的化肥的使用量，使每亩每年菜田化肥使用量控制在150公斤以下，菜田过多使用化肥有以下害处： 
    1、使土壤硝酸盐含量增高。蔬菜作物对氮肥需求量最大，但过量使用含氮化肥，增加了土壤中硝酸盐含量，而蔬菜根系从土壤中吸收的氮主要是硝态氮和铵态氮，使蔬菜产品中的硝酸盐含量增高。人体摄入硝酸盐的主要渠道是饮食，有70—80%来自蔬菜，硝酸盐在人体内经微生物作用极易还原成亚硝酸盐，能和胃中的含氮化合物结合形成致癌物质亚硝铵。因此，要降低硝酸盐在蔬菜中的含量，最有效途径是减少化肥的使用量。 
    2、盐害。化学肥料大多由各种不同的盐类组成，在保护地环境中，由于得不到雨水冲淋，施入过多的化肥后，使土壤盐分不断积聚增多，提高了土壤溶液的浓度，蔬菜吸水困难，不但使种子不能萌发或延迟发芽，而且使生长着的蔬菜也不能吸水或吸水困难，形成生理干旱状态，蔬菜生理紊乱，生长缓慢，甚至死亡，这就是土壤次生盐渍化危害。 
    其外，菜田过多使用化肥，作物吸收不了，还会污染环境，也增加了农业成本。