1、含有害离子的肥料氯化铵、氯化钾等化肥含有氯离子，施入土壤后，会产生水溶性氯化物，对种子发芽和幼苗生长不利。硝酸铵和硝酸钾等肥料中含有硝酸根离子，也不宜用做保种肥。2、对种子有腐蚀作用的肥料碳酸氢铵具有腐蚀性和挥发性，过磷酸钙含有游离态的硫酸和磷酸，两者对种子都有强烈的腐蚀作用。如必须用做种肥，应避免与种子接触，可将碳酸氢铵施在播种沟之下或与种子相隔一定的土层，或将过磷酸钙与土杂肥混合施用。3、对种子有毒害作用的肥料尿素在生产过程中，常产生少量缩二脲，含量超过2%时，对种子和幼苗会产生毒害。