微生物肥料中的有益微生物进行生命活动时，需要能量和养分。当进入土壤后，能源物质和营养供应充足时，其所含的有益微生物便大量繁殖和旺盛代谢，从而发挥其效果。反之则无效果或效果不明显。当土壤生态环境(水分、温度、氧气、pH、氧化还原电位因素等)适宜于肥料中的有益微生物生活时，其效果尤为显著，因此，合理的农业技术设施可以改善土壤环境，提高微生物肥料的有效性。

微生物肥料的作用是综合性的。首先它能增加肥力，这是作为微生物肥料的主要功效。微生物的生命活动与土壤肥力之间的关系是肯定的，但由于一些研究不到位，有的机理还不能完全阐明；其次是能协助农作物吸收营养，如根瘤菌能在根瘤中固定氮素并被植物吸收，既能全部利用又无污染问题。AM真菌是一种土壤真菌，它与多种植物根系共生，其菌丝可以吸收更多的营养供给植物吸收利用，尤其磷的吸收最明显；微生物肥料还可以增加植物的抗病虫害和抗旱能力。PGPR的研究与应用给这方面提供了很好的证据。PGPR还可以产生胞外溶解酶(selerotium)、氰化氢(Tnielaviopsis)改变微生态环境。还有研究认为，PGPR接种后，能够促使根内水质素的增加，从而促进作物强壮，产生抗逆能力。利用微生物肥料的另一个作用是减少化肥的使用量，同时提高作物品质。

生产微生物肥料所用菌必须是安全的。菌种首先必须对人、动物、植物无急性、恶急性病害，其次要有一定的功效。优良菌株很重要，因为同一种菌，经过筛选或诱变，可以筛选到作用更强的菌株。菌种应用要科学、合理。有的肥料产品将大豆根瘤菌用于禾本科作物如小麦、玉米等，这是十分可笑的。芽孢类菌组合也应做试验，有些种类不适宜组合，有些菌的安全性也应检定。微生物肥料不要长时间暴露在阳光下，以免紫外线杀死肥料中的微生物，有些产品不宜与化肥混用，更不能与杀菌剂混用。

微生物肥料发展很快，但也存在一些不合理的问题。如盲目地认为肥料中加入菌的种类越多越好而将互相拮抗菌放在一起；发酵设备不完善；工艺不先进；生产技术低下；产品质量不稳定；微生物复合肥料中化肥比例大，名不符实；基础性研究薄弱；高新产品开发滞后等等。微生物肥料不可能解决生产中的全部问题，但与化肥相比，微生物肥料目前在农业增产中的作用还太小，是应该大力发展的肥料品种。