果园间作中药材应根据果树树龄、树冠情况和果树的物候期等因素合理选择品种。从树龄情况来看，幼龄果园尚未封行，可在行间栽培1～3年收获的喜光药材，如黄芪、地黄、黄苓、菊花、牛膝、板蓝根、草决明、附子、柴胡等。树冠及树叶较稠密的果树，像桃、樱桃、葡萄、柿子、杏等，可套栽细辛、天麻、半夏、灵芝、黄连、三七、天南星、魔芋、玉竹等喜阴湿环境的药材。树冠较稀疏的果树，如苹果、梨、山楂等，可套栽西洋参、丹参、百合、天门冬等药材。根据果树的物候期，枣树、柿子等发芽较晚的果树，可套栽喜光但有夏眠习性的药材，如贝母、元胡、石蒜等；果实成熟期在最热月份来到之前就结束的果树，如桃、杏、樱桃等，可套栽喜热怕踏的菌类药材，如茯苓等。