普通农作物施用有机肥直接效益低;有机肥施用耗时费力;补贴政策覆盖范围有限;一家一户投资难度大;推广理念和方式需改变。

江苏省耕地质量与农业环境保护站推广研究员殷广德认为，我国有使用有机肥的优良传统，当前推广使用有机肥有很好的基础、条件和政策，但也存在不容忽视的问题。

普通农作物施用有机肥直接效益低，制约有机肥替代化肥推广。当前消费者对优质农产品认知度低，虽然施用有机肥能提升农产品质量，但绿色农产品价格上不去，影响了农民种植收益。

有机肥施用困难、耗时费力。在农村青壮年劳动力大量转移的地方，农民靠手工施肥劳动强度大，必须用机械代替人力，降低施肥成本;将传统的表施或浅施方式改为深施，单一施肥改为水肥一体化，才能真正做到节肥、节水、节本。在江苏常州市金坛区鑫品茶场，工人用茶园翻耕施肥机、自走式微耕机等小型机械作业。殷广德认为，应加强有机肥施肥机械的研发应用，特别要加强适合不同区域如丘陵、山区等地的施肥机械的研发应用。

有机肥替代化肥补贴政策的覆盖范围有限。农业农村部2017年选了100个果菜茶有机肥替代化肥试点县作为先行区，2018年又新增50个试点县，但试点面积仍然较小，还需要不断拓宽试点作物和范围。

有机肥替代化肥投入成本高，新设施、新装备一次性投入大，一家一户投资难度大。目前的补贴经费主要来自省部一级，远远不够，要用财政补贴资金撬动社会资本和地方财政投入，并加快培育社会化服务组织，培育合作社、家庭农场、龙头企业等新型农业经营主体。

2018年有机肥替代化肥已经取得了良好的开局，但是仍然存在一些问题：如一些地方应用有机肥的自觉性不高，一些地方推广使用有机肥以简单发放了之等等。因此，大范围推广应用有机肥还面临理念的转变和方式的改变。