平菇栽培过程中杂菌和害虫往往侵害平菇的菌丝体和子实体，对质量和产量都会造成影响，严重的甚至栽培失败，故必须贯彻“预防为主”，防重于治，综合防治的方针，以保证平菇的正常生长发育。危害平菇的杂菌主要有青霉、木霉、毛霉等。栽培场地不清洁，培养料带菌多，在高温多湿的情况下便会大量发生；杂菌在生料栽培的初期，平菇菌丝未长透培养料时，往往虚而入；在栽培后期当几批菇生长后，平菇菌丝生活力减退也易发生和蔓延杂菌。危害平菇的虫害主要有螨类、菇蝇、跳虫、蛞蝓、线虫等，它们的幼虫和成虫吃食和破坏平菇菌丝体和子实体，还会传播杂菌。露地栽培平菇时还会受到金龟子幼虫、红蜘蛛、蚯蚓、蜗牛、鼠类等为害。平菇大量发生的病害主要有褐斑病，软腐病，胡桃肉。这在高温、高湿时最易发生，是由真菌和细菌细菌引起的。平菇的病虫害在早秋和春暖时最易发生和发展，应作重点防治。