生长旺盛的平菇菌丝，棉絮白色，粗壮密集，呈扇形向前发展。有的接种后10天左右突然发现菌丝发黄，逐渐死亡消失。对于这种现象，有的菇农认为，培养料内含水量越大，产量越高，在配料时加大含水量。也有些菇农不理解含水量的意义，误把培养料含水量65％，当成每100千克料加148千克水。正确地计算含水量的方法应把培养料自身含的水分也计算在内，一般培养料自身含水量都在10％以上，如果培养料太湿，超出了菌丝生长的限度，就会导致培养料内透气性差，缺氧，喜湿厌氧的杂菌就会大量孳生，造成平菇菌丝死亡。另外，温度太高、消毒不严，也会出现细菌污染。平菇耐低温而不耐高温，在28℃以上时菌丝生长缓慢，而细菌在高温下却会大量繁殖，且在生长过程中能分泌毒素(可闻到刺鼻的臭味)，对平菇菌丝有抑制和毒杀作用。