4. 荣昌猪遗传资源保护存在的问题
　　4. 1 资金投入不足: 保种是一项既花钱又费力的长期性工作，必须依靠国家、社会、企业共同支持和投入才能完成的任务。但是，在一九九0年后，地方猪种选育未再列为科研课题，经费来源断位，致使核心群缩减，优良性状没有得以有效的选育和保护.
　　4. 2 荣昌猪遗传特性研究还不够深入: 由于资金、技术等方面的原因，我们对荣昌猪认识还较肤浅，很多遗传特性还没有完全掌握或未曾发现，以致很多有用的性能丢失，到目前为止，我们对荣昌猪研究只限于外貌、生产性能、适应性等方面观察，对其内在潜质、遗传基因等方面的认识还未深入下去。随着现代生物技术和计算机技术的突飞猛进，对荣昌猪的特异抗病力、特异敏感性、早熟性、肉质风味、母性等性状进行现代技术的深入研究显得十分迫切。
　　5.对策与措施
　　5．1加大政府的扶持和资金投入
　　以前，荣昌猪的销量大，再加上政府的一定扶持经费，农户和保种场还能维持荣昌母猪的数量并从中获得经济效益，上级给予的补贴经费减少。为了获得经济效益，原先饲喂荣昌猪的农户和保种场也纷纷减少荣昌猪数量而饲养外来品种。目前荣昌猪主产区采用“三外”杂交的趋势明显增多，长此下去，荣昌猪这一优良地方猪种数量将减少到有可能引起荣昌猪灭绝的境地。荣昌猪遗传资源保护是一项战略性、长期性的工作，必须依靠国家、社会、企业共同投入才能完成。保护好荣昌猪这一我国优良地方品种，除了在思想上提高其重要性的认识外，必须有政府部门特别是畜牧行政主管部门在经费上和管理上的大力支持。
　　5. 2建立以“资源保护场”为核心，与保种区相结合的动态保种模式
　　为了能达到使荣昌猪即能更好的保种又能合理的开发利用，必须完善和加强核心场的建设和研究工作，改变现有的保种模式。实施以“荣昌猪国家级品种资源保种场”为荣昌猪保种选育核心场，建立大规模的荣昌猪核心群，这有利于控制和操纵其基库变迁，同时设立荣昌猪保种区，对荣昌猪进行边保种边选育边提高的开放式动态保种，在保种区发现优秀性状的个体选入核心场，而经核心场保种选育的优秀后代又回到保种区进行大量繁殖推广。在保种区内根据群体大小划分片区，设立保种员，并对养殖户给予一定的经济补偿。这一保种模式不但可以对荣昌猪进行有效的保种，同时也解决了大部分保种群的经济收益问题，大大减轻保种的经济负担。
　　5．3 进一步完善规划，采取先进的方法和技术
随新的科学技术在畜牧业上的应用，要进一步完善保种规划，规划应包括保种目的，保种年数，种群大小，保种地点和繁育方法等。
　　过去一提到保种就认为是饲养一定数量的母猪和按母猪数量留一定比例的公猪。这种传统的保种方法在过去和现在对荣昌猪的保种起到很重要的作用，但不应只是活动物的保护，应包括精液、胚胎、以及体细胞和有关基因，因此，对荣昌猪保种除采用传统的保种方法外，还应积极研究和探索应用其它现代的保种方法，例如冷冻荣昌猪的胚胎和冷冻公猪的精液，还可以探索采用保存荣昌猪的DNA分子方法进行荣昌猪的保种。这样可以解决活体猪群保种耗资大，费时费力的问题，从而降低保种的经济负担。
　　在保种的同时，运用现代高科技技术对荣昌猪进行选育。在现有的基础上，依靠现代高科技生物技术，运用分子生物学技术、疾病诊断及防治技术和网络技术，对荣昌猪进行保种选育、推广应用。例如，以 PCR为基础，利用随机扩增DNA多态性（RAPD）技术，对荣昌猪选育群的遗传纯度进行适时监测， 同时采用DNA诊断法检测荣昌猪保种选育猪只的氟烷基因，彻底淘汰态氟烷隐性有害基因，以进一步提高荣昌猪的肉质。
　　5． 4 延长世代间隔，加强保种和选育相结合
　　采用现代生物技术，降低单位时间的代数和遗传漂变，可几十年甚至上百年考个世代。保护好荣昌猪这一优良地方猪种，不使其遗传资源消失，是荣昌猪保种目的之一，更重要的是使荣昌猪这一优良地方品种猪在我国养猪生产中发挥作用，也就是说在保留猪种的同时要进一步开发利用。除要保的特性和特征外，对那些明显不良性状加以改良是合情合理的。开发利用的方式可以采取多种形式，除了在二元杂交、三元或四元杂交中用作母本以外，还可以将荣昌猪的优良性状用于配套系的品种选育中。此外还可以在荣昌猪保种的同时对荣昌猪进行选育，选育出适合市场需求的不同经济性状。如瘦肉型、快速生长型、高繁殖型等。