1、及时集蛋
产蛋后集蛋越早则种蛋污染的可能性越小，因此应每天集蛋4次以上。污染严重的种蛋不能孵化；窝外蛋也不应孵化，确实由于优质种蛋不足而必须孵化窝外蛋时，应在适当温度下严格清洗消毒，并与干净种蛋分开及时入孵。集蛋后种蛋应及时送种蛋库保存。
2、种蛋的分级和贮存
合格的种蛋应在50～70g，剔除太大或太小的种蛋。贮存种蛋时应用专用贮蛋箱或蛋架车。种蛋的放置应该小头向下，但当贮存时间较长时应将蛋的小头向上且每天以90翻蛋1次。理想的贮蛋室温度15～20，相对湿度为70～80%。蛋用型种蛋应尽量在产出后3～5d内入孵，超过6d则孵化率以每天4%的比例下降。
3、种蛋消毒
种蛋收集后应立即进行熏蒸消毒，一般每立方米用30mL福尔马林加15g高锰酸钾，在室温20～25、相对湿度60%～75%条件下密闭熏蒸20～30min。
4、
种蛋的运输
为保证孵化率，种蛋从种鸡场到孵化厂的操作和运输必须十分小心，避免剧烈震荡而造成蛋壳的破损，运输过程中还应防止高温日晒、雨淋及冻伤。