渔药的使用应以不危害人类健康和不破坏水域生态环境为基本原则，尽量减少使用；严格遵守国家有关部门的规定，严禁生产、销售和使用未取得生产许可证、批准文号和没有生产执行标准的渔药；病害发生时，应对症用药，防止滥用渔药与盲目增大用量或增加用药次数、延长用药时间等行为的发生；水产饲料中不得使用国家禁止使用的药物或添加剂，也不得在饲料中长期添加抗菌药物。
严禁使用高毒、高残留或具有三致毒性（致癌、致畸、致突变）的渔药。严禁使用对水域环境有严重破坏而又难以修复的渔药，严禁直接向养殖水域泼洒抗菌素，严禁将新近开发的人用药作为渔药的主要或次要成分。
禁用的渔药：地虫硫磷（大风雷）、六六六、林丹（丙体六六六）、毒杀芬（氯化莰烯）、滴滴涕、甘汞、硝酸亚汞、醋酸汞、呋喃丹（克百威、大扶农）、杀虫脒（克死螨）、双甲脒（二甲苯胺脒）、氟氯氰菊酯（百树菊酯、百树得）、氟氰戊菊酯（保好江乌、氟氰菊酯）、五氯酚钠、孔雀石绿（碱性绿、盐基块绿、孔雀绿）、锥虫胂胺、酒石酸锑钾、磺胺噻唑（消治龙）、磺胺脒（磺胺胍）、呋喃西林（呋喃新）、呋喃唑酮（痢特灵）、呋喃那斯（P-138）、氯霉素（包括其盐、酯及制剂）、杆菌肽锌（枯草菌肽）、泰乐菌素、阿伏帕星、喹乙醇（喹酰胺醇羟乙喹氧）、速达肥（苯硫哒唑氨甲基甲酯）、已烯雌酚（乙烯雌酚、人造求偶素，包括雌二醇等其他类似合成等雌性激素）、甲基睾丸酮（甲睾酮、甲基睾酮，包括丙酸睾丸素、去氢甲睾酮以及同化物等雄性激素）。
使用渔药，在收获季节前要遵守休药期的规定，确保上市水产品的药物残留量符合国家相关规定。如漂白粉休药期≥5天，三氯异氰尿酸休药期≥10天，土霉素休药期（鳗鲡)≥5天、（鲶鱼）≥21天，新诺明、新明磺休药期≥30天，氟苯尼考休药期（鳗鲡）≥7天，二氯异氰尿酸钠≥10天，二氧化氯≥10天。