随着集约化养殖程度的提高，一些常见细菌性病害变得流行和顽固起来，过去行之有效的办法现在效果不佳，甚至以往所谓的敏感药物也治疗无效。这就要求养殖者加深对细菌性病害的认识和掌握运用更多新的防治措施。
　　以高效、低毒、无残留的消毒剂替代抗生素药物 当养殖品种个体受病菌侵袭而表现明显症状时，往往是不摄食的，企图通过药饵挽救之就很困难，投喂抗生素的有效性自然大打折扣，只能采用全池泼洒(药浴)的方法来解救刚刚染病的个体和防止健康群体继续被感染。而全池泼洒最明显的作用是杀死水体中和鱼体表的大部分病原菌，使水体中病原菌数量降至鱼体发病水平之下。实质意义是牺牲少数患病的个体，控制由其散发的病原菌繁殖，保护健康群体不再受到感染。目前已推向市场的二氧化氯、季胺盐络合磺、海因类等消毒剂显然胜过以往常用的抗生素，对各种病原菌、游离病毒、真菌等均有很强的杀灭作用，作用速度快，降解彻底，对提高产品卫生标准，应对关贸绿色壁垒大有好处。
　　选择杀菌范围广而又安全的消毒剂替代禁用药物 目前常见的顽固性细菌性病的病原多属弧菌、气单胞菌，多是条件致病菌。当鱼和水体环境正常时，细菌繁殖受到抑制，不会引起发病。而一旦环境恶化，病菌则快速大量繁殖，并分泌毒素，这时最有效的莫过于前面提出的高效、作用快的消毒剂了。
　　如二氧化氯组成上是氯化合物，在作用机理上是强氧化剂，氧化力为常见氧化消毒剂(臭氧、双氧水、次氯酸钠、高锰酸钾等)之首。0.1毫克/升浓度5分钟足以杀死一般肠道细菌，对高等动物细胞结构无影响，无“三致”作用，在pH6~10范围内使用，药效不受影响，被世界贸易组织指定为A1级安全消毒剂。
　　季胺盐络合磺则是两种以上超强消毒活性成份相结合的有机消毒剂，由双阳离子季胺盐碘和碘三氧等组成，经济高效更适用于水体消毒。
　　上述消毒剂的共同特点是高效(使用浓度0.1毫克/升~0.3毫克/升)、广谱(可杀灭细菌、病毒、真菌等)、适用范围广(酸碱度、有机质及氨氮浓度等相对影响小)、低毒(对鱼、人、畜安全度大)、降解彻底、无残留和无致癌、致畸、致突发变作用。价格便宜，每亩1米水深每次不过几元钱。
　　低量多次的施药方法提高有效性和安全性 平时所说的有效杀菌浓度只是一个参考值，实际上浓度是随着单位体积内细菌数量变化而变化的。病原菌的数量水平高低和施药浓度、次数是成正比的。水体环境条件差，病原菌多，同一有效药浓度杀菌率要比在病原菌少的水体中低得多，这是因为大量病原菌在被杀死时消耗了一定量的消毒剂，甚至使之降到杀菌浓度之下。如果为了达到杀菌的目的，随意加大用药浓度，又有对鱼不安全的潜在可能。最简单又安全的办法就是控制在高效而安全浓度之内，缩短每次施药的间隔时间，即在一个疗程内逐日连续施药，甚至每日换两次水施两、三次药。
　　作为水体消毒，必须考虑到病原菌世代繁殖的时间周期。设想水体中泼洒的药物因病菌的消耗而引起实际浓度降至有效浓度之下，存活的病原菌则会很快再度繁殖起来而达到致病的数量水平，于是疾病反复发作。采用连续多次施药并结合换水的办法，在许多久治不愈的病例中往往会收到良好的效果，道理就在于此。
　　不同消毒剂交替使用，减缓耐药性的产生 细菌很容易发生变异，长期使用同一种药物很容易导致耐药性的产生。一种新药刚问世时，初始效果都较好，但时间一长，则不得不加大浓度，为缓解此种现象，交替使用不同品种消毒剂，可以显著延缓耐药性的产生。
　　推行施药前水体预处理，节省用药，排除不利环境因子对治疗的干扰 许多环境因子对药物治疗有很大干扰，如酸碱度、硬度、盐度、温度、有机物含量及溶解氧等。水体中固体悬浮物、病原菌浓度大时以及藻类过度繁殖等都会消耗相当数量的消毒剂，使原本可以达到有效杀菌的药物浓度变成无效。施药前的水体预处理常用方法：以1毫克/升高锰酸钾或0.2毫克/升二溴海因或3毫克/升~5毫克/升的30%~50%双氧水(工业用)，提前1小时~2小时泼洒全池，多数情况下可节省1/3药费并提高疗效。