由于小麦赤霉病广泛流行，2015年进行小麦杀菌性处种子处理将尤为重要。原因之一是疮痂病菌感染后将留在粮食中，导致种子萎缩，形成垩白或粉红色的内核，即人们熟知的镰刀菌性结痂内核或干瘪内核。种子虽表观正常，但在发育后期受到影响。如果感染的谷物不使用杀菌剂进行处理就留种，将显著降低来年的立苗率。
　　另一个原因是一种罕见的种子传播疾病黑穗病，如果严重和普遍爆发，可引起显著的产量损失。一些国家拒绝从爆发黑穗病的地区进口小麦。因此，小麦黑穗病对国家或地区经济的影响显著。
　　种传病害
　　小麦种子传播的真菌性病害包括普通黑穗病（也称为腥黑穗病）、散黑穗病、黑粉病、黑斑病和麦角症。这些疾病可引起不同程度的产量损失，偶尔也会造成整体损失。
　　损失源于这些真菌引起的苗枯病和猝倒病以及由短打病和散黑穗病菌引起的粮食损失。如果是普通腥黑穗病在田间广泛爆发，由于买家拒绝收货，几乎可以肯定将造成全部损失。
　　除了损失数量，这些疾病也将降低粮食品质，并因为粮食等级下降，价值也受到影响。
　　土传病害
　　小麦土传真菌性疾病包括常见的根腐病、腐霉根腐病、纹枯病根腐病、枯萎和根、冠、末端腐烂病。这些疾病常常被忽视，因为它们影响的根和冠不像叶面疾病那样可见。它们还会导致立苗减少和植株瘦弱，很容易被其他疾病和害虫攻击而造成显著产量损失。
　　管理
　　小麦种子传播和土传的真菌病害可通过种植认证的使用杀菌剂处理的种子而进行有效控制。因为有些病菌源于种子内部，建议使用内吸杀菌剂。避免种植农场往年保存的库存种子。使用处理种,子最好是购买经过认证的处理种子，或使用商业种子处理机清洗和处理种子。在农场进行种子处理应提前进行清洁。全面覆盖能最大化的提高种子处理的有效性。