甜椒的常见病害有疫病、炭疽病、病毒病、疮痂病等。虫害主要有蚜虫、白粉虱、茶黄螨等。
    1、甜椒的病害防治。甜椒疫病可用45%百菌清烟雾剂熏蒸，7天薰一次，视病情轻重熏3-4次。或64%杀毒矾可湿性粉剂500倍液，或50%安可可湿性粉剂喷雾，7天一次，连喷2-3次。甜椒炭疽病的防治可用50%混杀硫悬浮剂500倍液，或10%苯醚甲环唑可湿性粉剂600-800倍液，或75%百菌清可湿性粉剂600倍液喷雾，7-10天喷一次，连喷2-3次。甜椒病毒病可用20%病毒A 400倍液或1.5%植病灵乳剂400-500倍液喷雾，7天一次，连喷2-3次。甜椒疮痂病可用72%农用链霉素可溶性粉剂4000倍液，或14%络氨铜水剂300倍液喷雾。
    2、甜椒的虫害防治。首选物理防治措施。棚室栽培甜椒可用黄板诱杀蚜虫和白粉虱，挂在行间或株间，高出植株顶部，每亩挂30-40块。化学防治措施有：蚜虫用10%吡虫啉可湿性粉剂1500倍液，或80%敌敌畏乳油1000倍液喷雾；白粉虱可用10%吡虫啉可湿性粉剂1000-1500倍液，或3%啶虫脒2000倍液喷雾；茶黄螨可用1.8%阿维菌素3000倍液喷雾。