立枯病：立枯病又叫烂根病、黑根病，我地发生危害普遍，棉苗未出土前，常侵染幼根、幼芽，造成烂种、烂芽，棉苗出土后，在接近地面的幼茎基部呈现出黄褐色斑点，逐渐扩大，产生凹陷内缩，最后围绕嫩茎形成蜂腰状凹陷腐烂，严重时可致枯死或萎倒。
炭疽病：炭疽病是苗病中的主要病害，苗期和铃期受害较重，棉苗受害轻的影响生长，严重的成片死苗，棉铃受害引起烂铃。炭疽病菌在棉籽开始萌动时即行侵害，常使棉籽在土中发芽后呈水渍状腐烂，不能出土而死亡，幼苗出土后子叶上病斑呈黄褐色，边缘红褐色，上面有橘红色粘性物质，即病菌分生孢子。幼茎基部发病后产生红褐色梭形条斑，后扩大变褐色，中间略凹陷，病斑上有橘红色粘性物，可使幼苗枯死，真叶被害时，初生小黑色斑点，扩大后变成暗褐色，圆形或不规则形病斑边缘呈紫红色，如气候干燥往往开裂，叶片破烂不堪，叶柄和茎杆上也能产生红褐色长条形病斑，略凹陷，病部容易折断，潮湿情况下病斑表面产生红褐色或橘红色粘质物，即病菌分生孢子团。铃上病斑初为暗红色小点，以后逐渐扩大并凹陷，中部变为灰褐色，上面也有橘红色粘性物质，病铃腐烂可形成僵瓣。
防治技术要点：1、增施农家肥料，大力推广秸秆还田、精耕细作等农业措施，培肥地力，改良土壤，增加土壤通透力，可以有效地控制苗期病害的发生。2、选用抗病品种，并选用优良种衣剂进行包衣，是防止病害发生的有效措施之一。3、适期晚播。适期晚播不仅可防治苗期病害，同时可预防棉花早衰和烂铃。4、连续多年使用氟乐灵除草的棉田，应更换乙草胺类除草剂，并严格控制用药量。5、中耕划锄。棉花出苗后，吸收无机养分的能力弱，叶面积小，光合作用产生的有机养分不充足，如遇阴雨天气影响，地温难以提高，根系生长困难，也就加重了病害的发生。因此，通过中耕，提高地温，是解决苗期病害的必要手段。并要做到早、深、勤中耕。6、药剂防治。出苗后喷洒1－2次腐殖叶面肥，提高棉苗抗低温和抗病能力。发病初期喷洒50%多菌灵或70%甲基托布津可湿性粉剂800倍液+70%代森锰锌600倍液，或恶霉灵3000倍液喷雾叶面肥效果更好。每7天喷施1次，连喷2-3次。