孵化种蛋所有接触的设备、用具都要搞好卫生消毒，蛋托、码蛋盘、出雏筐、存雏筐用后高压泵清水冲洗干净再放入2%的火碱（氢氧化钠）水中浸泡30分钟，然后用清水冲净。种蛋车、操作台及用具用后也要清理消毒，照蛋落盘后对臭蛋桶要清理消毒，地面火碱墩地。注射器使用后清理干净并高压消毒或开水煮半小时，针头每注射1
000羽换一个。孵化机及蛋架用后高压泵清水冲洗干净，用消毒液擦拭，再用清水冲净，最后把干净的码蛋盘、出雏筐放入孵化机内每立方米用福尔马林42ml+21g高锰酸钾熏蒸30分钟。出雏机及出雏室是雏鸡的产房，需要的卫生消毒特别严格，而此地又是绒毛多最难清理的地方，所以一定要严格认真仔细地清理每个角落，不能有死角。发完鸡后存雏室一定要冲洗干净，包括房顶、四壁、窗户、水暖管道等，再把干净卫生的存雏筐放入室内，每立方米用福尔马林42ml+21g高锰酸钾熏蒸30分钟，或10%福尔马林喷雾消毒，避免交叉感染。