鸡在上孵之前，因种蛋数量多往往要保存一段时间。如果方法不妥，往往使其变质或发生其它问题，影响孵化工作的进行。因此，保存种蛋应注意以下问题：
温度要适宜
保存种蛋温度过高、过低都不好。如果高于24℃，胚胎便开始发育，会导致鸡胚衰老、死亡，孵化时死胎增多；低于5℃时，种蛋受冻，会失去孵化能力。保存种蛋最适宜的温度为10℃～15℃。
湿度要适宜
种蛋壳上有许多气孔，在保存期间，蛋内水分不断通过气孔蒸发丢失。为减少蛋内水分的损失，必须使贮蛋室保持一定的湿度。种蛋贮藏室最适宜的相对湿度为70%～80%，湿度过高易使霉菌繁殖，不利种蛋贮藏。
定期翻蛋
种蛋保存期间，如摆的位置不当，或放置不动，时间过久则易发生蛋黄、胚盘与蛋壳粘连，以致引起胚胎早期死亡。为防止这种情况，宜将种蛋钝端朝上放置，这样，可使蛋黄位于种蛋的中心。保存时间稍长，每天应翻蛋一次，以防胚胎粘连，保持正常的孵化率。
环境
储蛋室和接触种蛋的蛋盘、蛋架等要清洁，蛋盘要有缝隙，不要把种蛋装在不透气的箱子内。贮蛋室内空气一定要保持清新。
不洗刷种蛋
种蛋产出后，蛋壳表面有一层胶质膜覆盖着蛋壳的气孔，即有防止水分蒸发的作用，又可防止细菌等微生物从蛋壳气孔侵入蛋内而变为坏蛋。为使种蛋清洁，用水进行洗刷，反而会导致破坏蛋壳上的胶质膜，降低种蛋品质。