从理论上讲，最好在蛋产出后立刻消毒，但这在生产中难以做到。比较可行的办法是每次捡蛋完毕，立刻进行消毒。种蛋入孵后，在入孵器里进行第二次消毒。虽然种蛋有胶质层、蛋壳和内外壳膜等几道自然屏障，但它们都不具备抗菌性能，所以细菌仍可进入蛋内，降低孵化率和影响雏鸡质量。因此，必须对种蛋进行认真消毒。
消毒方法：种蛋消毒方法很多，但以甲醛熏蒸法和过氧乙酸熏蒸法较为普遍。
甲醛熏蒸消毒法：甲醛（通称福尔马林，是40%的水溶液）熏蒸消毒法消毒效果好，操作简便。对清洁度较差或外购的种蛋，每立方米用42毫升福尔马林加21克高锰酸钾，在温度20C-26C，相对湿度60-70%的条件下，密闭熏蒸20分钟，可杀死蛋壳上95%-98.5%的病原体。在入孵器里进行第二次消毒时，每立方米用福尔马林28毫升、高锰酸钾14克，熏蒸20分钟。
过氧乙酸熏蒸消毒法：过氧乙酸是一种高效、快速、广谱消毒剂。消毒种蛋时，采用含16%的过氧乙酸溶液40-60毫升，加高锰酸钾4-6克，熏蒸15分钟。