微生物肥料产业已经迎来快速发展的新机遇。目前国家、省级的研究团队，强化菌种的研发和培养。相关部门实施严格登记制度、标准体系制度和检测监督制度。生产企业规模不断扩大，产能不断提升。农业部门开展试验示范、技术培训、专家指导、农企对接，提高农民和社会的认识，为微生物肥料推广应用提供了良好氛围。
除了机遇也面临一些挑战：第一，质量稳定性较差，保质期内的菌种变化情况无法直观预测。第二，应用效果稳定性差，产品的应用受到地域、气候、作物种类等因素的制约。第三，菌种和产品单一化、重复化严重，菌种产权保护力度不够。第四，部分微生物肥料生产企业规模小，生产工艺不合理与成本高。