现代农业发展离不开化肥，化肥在给农作物带来营养的同时也会因为施用不当对周边土壤和环境造成整体影响。一是化肥施用不当造成的土壤板结、盐渍化。二是残留在土壤中的化肥被暴雨冲刷后汇入水体，加剧了水体的"富营养化"，导致水草繁生，许多水塘、水库、湖泊因此变臭，成为"死水"。下表是2000-2014年化肥的施用量：
　　当前化肥施用存在两个误区：一是认为"化肥就是氮肥"，氮肥的施用量远大于其他肥料，只搞单一施肥，忽视了平衡施肥。二是我国目前存在明显的化肥过度施用的情况。
　　根据数据显示，我国农作物亩均化肥用量21.9公斤，远高于世界的平均水平（每亩8公斤），是美国的2.6倍，欧盟的2.5倍。中国的耕地肥力出现了明显下降，全国土壤有机质平均不到1%。与之对应的是，国内的化肥用量及其增长速度惊人。不仅仅是过度施肥和用肥单一，还经常出现忽略了地情变化，照"老经验"施肥的误区，加剧了土壤内在结构的不平衡。
　　针对现存问题，微生物肥料可以成为绿色农业的突破口。微生物肥料中的有效活菌数高，可以显着增加土壤中的有益菌群，这些有益菌通过降解各种污染，分解多种动物腐体和植物残茬等活动使得板结土壤通透性增加；并且有益微生物在生长繁殖时能分泌有益物质，能活化板结土壤中被固定的养分，从而起到疏松土壤、培肥地力的作用。  
　　我国新型肥料的产量所占的比重越来越大。而微生物肥料已成为新型肥料中年产量最大、应用面积最广的品种，微生物肥料会成为绿色农业发展的强大助力。微生物肥料还有以下几种优势。
　　1、微生物肥料具有提高化肥利用率的作用
　　近年来我国化肥的使用量上涨4.5倍，但我国粮食产量仅增长了82.8%，三大粮食作物氮肥、磷肥、钾肥的利用率却仅为33%、24%和42%。这说明仅靠大量增施化肥来提高作物产量是有限的，况且还会造成土壤和环境污染的问题。采用微生物肥料与化肥配合施用，既能保证增产，又减少了化肥使用量，降低成本，同时还能改善土壤及作物品质，减少污染。
　　2、微生物肥料在绿色食品生产中的作用
　　随着人民生活水平的不断提高，尤其是人们对生活质量提高的要求，对绿色无公害的食品需求不断提升。生产绿色食品的过程中要求不用或尽量少用或限量使用化肥或农药等化学物质的施用。微生物肥料肥料能保护和促进农作物生长和提高品质；其次不会产生和积累有害物质；三是对生态环境和土壤环境无不良影响。符合了绿色食品生产和绿色农业发展的要求。
　　3、微生物肥料在环保中的作用
　　利用微生物的特定功能分解发酵城市生活垃圾及农牧业废弃物，制成微生物肥，能将城市生活垃圾合理再利用。另外还有将微生物肥料作为土壤净化剂使用。