同时，福建省海水养殖优势突出。如宁德拥有大黄鱼、海参、紫菜、海带、鲍鱼等区域特色优势养殖品种，东山拥有对虾、鲍鱼、牡蛎、贻贝等优势养殖品种。2015年宁德市海水养殖产量59.7万吨，其中大黄鱼产量达9万吨左右，占全国80%以上；漳州东山县养殖产量21.5万吨，其中对虾产量0.33万吨，鲍鱼产量0.46万吨，牡蛎产量6.98万吨，贻贝产量1.1万吨。

随着东南亚水产品需求增多，福建省出口因此迎来契机，对此，福建检验检疫局帮促福建省水产品出口产业练好内功，加大“出海”力度：

一是发展现代海水养殖新模式。加快湾外深水大网箱、塑胶网箱、南美白对虾高位池养殖和陆上工厂化循环水养殖等设施渔业建设速度。

二是实施科技兴海战略。充分发挥水产科研部门的技术和人才优势，派出科技人员深入沿海渔村和重点养殖区开展养殖技术、水产病害防控及水产品质量安全方面的技术培训。

三是养殖户加强疾病预防。做好水质防控，增强鱼体免疫抵抗力；适时调整和控制投饵量，科学投喂，增强养殖动物的体质。

四是加强日常管理。养殖期间尽量减少操作，以减低对养殖动物的应激反应，避免因养殖动物受伤而引起病原菌的感染。