《实施方案》提出五大重点工程：耕地重金属污染治理工程。

重点治理区域为皖南地区、沿江平原地区和阜阳、宿州、淮南、亳州等地；主要建设内容包括强化源头控制、加强污染源治理、改善土壤环境、开展耕地重金属污染治理试点等。农业面源污染综合防治工程。

重点治理区域为淮河流域的阜阳、亳州、淮南、蚌埠、宿州、淮北6市和霍邱、凤阳、定远、明光4县（市），以及环巢湖生态圈；主要建设内容包括建设节水农田、开展清洁种植示范、加强规模化畜禽养殖粪污处理与综合利用、推进生态农业示范区建设、建设农业面源污染防治评价与支撑体系等。地表水过度开发和地下水超采综合治理工程。

重点治理区域为阜阳、亳州、宿州、淮北、蚌埠等淮北平原地区；主要建设内容包括发展高效节水灌溉、退减灌溉面积、推进水源配置建设、开展再生水利用、实施地下水开采井封填工程等。新一轮退耕还林工程。

实施范围为六安、宣城、池州、安庆、铜陵、黄山6市的12个县（市）；主要建设内容为在25度以上坡耕地和重要水源地15度至25度坡耕地人工造林15.76万亩。退耕还湿工程。

实施范围为15处国家级和省级湿地类型自然保护区及31处国家级和省级湿地公园；主要建设内容包括大力开展湿地保护与恢复、落实湿地生态保护红线、实施好国家湿地生态效益补偿资金项目等。

《实施方案》初步测算五大重点工程总投资394.9亿元。通过实施五大工程，有利于提升我省农产品质量和价格，有利于提高农业综合生产能力，有利于提高水资源利用效率，有利于提高项目区生态生活质量。落实农业环境突出问题治理实施方案，可降低耕地重金属污染程度，可提高污染物的消减能力，可使水资源过度开发状况得到改善，可增加退耕还林区植被盖度，可改善项目区维护生物多样性等生态功能。