在制度建设方面，除了出台“黑名单”管理办法之外，《安排》提出，将推动制订《惠州市关于进一步贯彻实施〈广东省食品生产加工小作坊和食品摊贩管理条例〉的意见》，加快监督检查、特殊食品安全监管等制度的制修订工作，制修订《惠州市食品安全应急预案》。

为了从源头上加大治理力度，上述文件提出，将推行农业投入品使用记录制度，建设食用农产品质量安全追溯体系，推进化肥农药使用量零增长行动，以食用农产品优势区域和“菜篮子”产品为重点，加强“三园两场”（蔬菜、水果、茶叶标准园和畜禽养殖标准示范场、水产健康养殖场）建设，推进农业标准化生产。

作为惠州特产的梅菜不仅本地人喜欢，外地游客到惠州也往往是“必点菜”，《安排》对梅菜也就格外关注：2016年惠州将开展惠州特色食品梅菜用盐专项整治，推动制定惠州梅菜地方标准。

对于近年来兴起的网上食品和“农家乐”，《安排》也有相应要求：加大农村地区、城乡结合部食品安全监督检查力度，开展集体食堂、旅游景区等就餐重点区域联合督查，全面规范食用农产品批发市场经营和互联网食品经营。