目前较好的有机肥的腐熟方法是高温堆肥。高温堆肥以有机肥料，作物秸杆为主要原料，堆内最好不要掺土。发酵产生的高温能杀死病菌，虫卵和杂草种子，肥料腐熟较快。而普通堆肥由于掺土较多，发酵较慢，腐熟过程中堆肥温度变化较小，腐熟所需时间较长，质量较差。高温堆肥的方法是：将有机肥与作物秸杆（铡成10厘米左右），加入一定比例的水（含水量50%～60%），夏季水分稍多，以防氮肥灰化。冬季宜少，以免因通气不良而发热缓慢。之后进行堆积，堆高宽各1.5～2米，长不限，并在堆外覆盖4～6厘米厚的细土。前期堆腐是好气发酵，要疏松通气，可在堆中设置多个通气孔，堆腐20天后进行第一次翻堆，将外层翻倒至内层，内层翻倒至外层。再继续堆覆20天，进行第二次翻堆。当堆肥表层形成以真菌菌丝为主的白毛时，标致堆肥进入嫌气发酵阶段，此时应将肥堆压实，用泥土密封，防止氮肥的损失，使其缓慢地进行后期的腐熟。一般堆肥夏季约需1-2个月，冬季约需3-4个月即可腐熟使用。