肥料是棉花高产的物质基础，按需施肥是棉花施肥的最高原则。有条件的应进行测土施肥，根据土壤速效养分含量和棉花高产需要，确定施什么肥料和施肥量。所以不同棉田的施肥应该是不同的。但目前多数地区做不到这一点，主要弊端是大量施用氮磷钾含量相等的复合肥，一般是亩施50公斤“三个15%”的复合肥。笔者在最近下乡期间了解到:很多棉农还在这样施，这是极不合理的，既增加了成本，又满足不了棉花高产需要，应立即改进。就北方多数棉田而言，应增加钾肥用量，减少磷肥用量，氮肥则主要用于追肥；或者施用“高钾、低磷、中氮”的配方肥。如果已准备好了氮磷肥等量复合肥，每亩用量不宜超过25公斤，再增加12.5公斤钾肥做底肥；另备15公斤尿素做追肥，这就较为合理了。
　　施用底肥一定要翻入土中，越深越好，尽量使之减少损失，充分发挥肥效。笔者看到:当前大部分棉田都未耕耙整地，施好底肥有以下方法:
　　(一)有的棉农正往棉田运送农家肥，可将要施用的化肥在耕地前撒在地表，和农家肥一齐翻入地中。好处是施得深、施得匀，养分损失少，可被分布在各处的棉根吸收利用。
　　(二)在播种机上安装施肥器，和播种同时进行，前边播肥，施在两行棉花中间，深施8至10厘米，后边下种。好处是作业省工，肥料集中，养分损失少，幼苗利用快。因为肥施在种子发芽前，所以仍可视为底肥。国欣种业八万亩繁种农场多是这样施用。
　　(三)播前设计好行距和行数，插上标记，先将一行肥料施在预留的两行棉花中间，深施10厘米以上，然后再进行播种；好处是肥料施得深。
　　(四)如果不耕翻而采用旋耕，也可在旋耕前将肥料撒在地表，但要尽量旋耕深达15厘米左右。这样施肥的缺点是上层干土中也有部分肥料，养分有损失。
　　最忌施肥后浅旋，使大部肥料留在土壤上层，养分损失太大。
　　无论耕地前或旋地前施肥，都可进行耕旋后浇水造墒。按亩灌水量60至80方计算，水深为9至12厘米，肥料不会随水渗入地下，而保存在1米深的土层内，可供棉花根系吸收利用。
　　施底肥是很关键的棉花高产措施，关系到棉花产量和植棉效益，一定要施好。